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万見
- PDB-1fao: STRUCTURE OF THE PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN FROM DAPP1/PHISH IN C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fao
タイトルSTRUCTURE OF THE PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN FROM DAPP1/PHISH IN COMPLEX WITH INOSITOL 1,3,4,5-TETRAKISPHOSPHATE
要素DUAL ADAPTOR OF PHOSPHOTYROSINE AND 3-PHOSPHOINOSITIDES
キーワードSIGNALING PROTEIN / PLECKSTRIN / 3-PHOSPHOINOSITIDES / INOSITOL TETRAKISPHOSPHATE SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN / ADAPTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / protein dephosphorylation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / phospholipid binding / signal transduction / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
DAPP1, SH2 domain / : / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. ...DAPP1, SH2 domain / : / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / Dual adapter for phosphotyrosine and 3-phosphotyrosine and 3-phosphoinositide
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ferguson, K.M. / Kavran, J.M. / Sankaran, V.G. / Fournier, E. / Isakoff, S.J. / Skolnik, E.Y. / Lemmon, M.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000
タイトル: Structural basis for discrimination of 3-phosphoinositides by pleckstrin homology domains.
著者: Ferguson, K.M. / Kavran, J.M. / Sankaran, V.G. / Fournier, E. / Isakoff, S.J. / Skolnik, E.Y. / Lemmon, M.A.
履歴
登録2000年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUAL ADAPTOR OF PHOSPHOTYROSINE AND 3-PHOSPHOINOSITIDES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3052
ポリマ－14,8051
非ポリマー5001
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.674, 46.273, 64.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 DUAL ADAPTOR OF PHOSPHOTYROSINE AND 3-PHOSPHOINOSITIDES / DAPP1 / PHISH / BAM32


分子量: 14805.023 Da / 分子数: 1 / 断片: PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEX WITH INOSITOL 1,3,4,5-TETRAKISPHOSPHATE / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UN19
#2: 化合物 ChemComp-4IP / INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / イノシト-ル1,3,4,5-テトラキスりん酸


分子量: 500.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16O18P4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3450, Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112.5 %PEG345011
250 mMTris11
325 mMsodium phosphate12
425 mg/mlprotein12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 11260 / Num. obs: 11260 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 10 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Mean I/σ(I) obs: 29 / Num. unique all: 966 / Rsym value: 0.05 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 50768
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1FB8: UNLIGANDED DAPP1

1fb8


解像度: 1.8→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1083 9.5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all-11421 --
obs-11421 96.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.12 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.51 Å20 Å20 Å2
2---2.97 Å20 Å2
3---0.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.03 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数838 0 28 105 971
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.621.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.452.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 201 10.5 %
Rwork0.226 1722 -
obs--99.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PARAM.IP4TOP.IP4
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 9.5 % / Rfactor obs: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 16.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.277 / % reflection Rfree: 10.5 % / Rfactor Rwork: 0.226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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