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- PDB-1fb6: CRYSTAL STRUCTURE OF THIOREDOXIN M FROM SPINACH CHLOROPLAST (OXID... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fb6
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THIOREDOXIN M FROM SPINACH CHLOROPLAST (OXIDIZED FORM)
要素THIOREDOXIN M
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / chloroplast / enzyme activator activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin M-type, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Capitani, G. / Markovic-Housley, Z. / DelVal, G. / Morris, M. / Jansonius, J.N. / Schurmann, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of two functionally different thioredoxins in spinach chloroplasts.
著者: Capitani, G. / Markovic-Housley, Z. / DelVal, G. / Morris, M. / Jansonius, J.N. / Schurmann, P.
履歴
登録2000年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOREDOXIN M
B: THIOREDOXIN M


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5872
ポリマ－23,5872
非ポリマー00
水2,180121
1
A: THIOREDOXIN M


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7931
ポリマ－11,7931
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: THIOREDOXIN M


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7931
ポリマ－11,7931
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.71, 74.71, 74.00
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 THIOREDOXIN M


分子量: 11793.436 Da / 分子数: 2 / 断片: OXIDIZED FORM / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
細胞内の位置: CHLOROPLAST / プラスミド: PKK233-2 (MODIFIED) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07591
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: sodium acetate, PEG monomethylether 2000, ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
30.02 %(w/v)1dropNaN3
40.2 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 Msodium acetate1reservoir
630 %(w/v)PEG2000 mme1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-20 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.6 Å / Num. obs: 14256 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / % possible all: 92
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化解像度: 2.1→29.6 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Used overall anisotropic B-factor refinement and bulk solvent correction (X-PLOR 3.851 and CNS)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 542 -RANDOM
Rwork0.204 ---
obs-14256 99.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1644 0 0 121 1765
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.8
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 29.6 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3.8 % / Rfactor obs: 0.204 / Rfactor Rfree: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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