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- PDB-1fb2: STRUCTURE OF PHOSPHOLIPASE A2 FROM DABOIA RUSSELLI PULCHELLA AT 1.95 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fb2
タイトルSTRUCTURE OF PHOSPHOLIPASE A2 FROM DABOIA RUSSELLI PULCHELLA AT 1.95
要素PHOSPHOLIPASE A2
キーワードTOXIN / Phospholipase A2 / Daboia Russelli Pulchella / Neurotoxic
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
類似検索 - 構成要素
生物種Daboia russellii pulchella (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Chandra, V. / Kaur, P. / Betzel, C. / Singh, T.P.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Regulation of catalytic function by molecular association: structure of phospholipase A2 from Daboia russelli pulchella (DPLA2) at 1.9 A resolution.
著者: Chandra, V. / Kaur, P. / Jasti, J. / Betzel, C. / Singh, T.P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Three-Dimensional Structure of a Presynaptic Neurotoxic Phospholipase A2 from Daboia Russelli pulchella at 2.4 Resolution
著者: Chandra, V. / Kaur, P. / Srinivasan, A. / P Singh, T.
履歴
登録2000年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月8日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE A2
B: PHOSPHOLIPASE A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2602
ポリマ－27,2602
非ポリマー00
水3,837213
1
A: PHOSPHOLIPASE A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6301
ポリマ－13,6301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PHOSPHOLIPASE A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6301
ポリマ－13,6301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.100, 88.050, 79.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE A2


分子量: 13629.767 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Daboia russellii pulchella (ヘビ) / Secretion: VENOM / 生物種: Daboia russellii / 株: pulchella / キーワード: NATIVE / 参照: UniProt: P59071
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20mM Sodium Cacodylate, 1.4M Ammonium Sulphate, 4mM Calcium Chloride, 3% Dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
220 mMsodium cacodylate1droppH6.5
31.4 Mammonium sulfate1reservoir
43 %dioxane1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月20日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→24.1 Å / Num. all: 19822 / Num. obs: 18001 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 35.3 Å2 / Rsym value: 0.026 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 1913 / Rsym value: 0.165 / % possible all: 98.5
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 17922 / % possible obs: 91 % / Rmerge(I) obs: 0.026
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.163

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
PROLSQ精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CL5

1cl5


解像度: 1.95→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used restrained least-squares refinement procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 863 4.8 %Random
Rwork0.216 ---
all0.234 17985 --
obs0.226 17922 90.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1888 0 0 213 2101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.006
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor obs: 0.216
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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