PDB-1fa3: SOLUTION STRUCTURE OF MNEI, A SWEET PROTEIN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fa3

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF MNEI, A SWEET PROTEIN

要素

MNEI SWEET PROTEIN RELATED TO MONELLIN

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / 5 stranded beta sheet 1 helix

機能・相同性

機能・相同性情報

Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / : / Monellin / Monellin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Dioscoreophyllum cumminsii (植物)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics energy restrained minimization

データ登録者

Temussi, P.A. / Spadaccini, R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Solution structure of a sweet protein: NMR study of MNEI, a single chain monellin.
著者: Spadaccini, R. / Crescenzi, O. / Tancredi, T. / De Casamassimi, N. / Saviano, G. / Scognamiglio, R. / Di Donato, A. / Temussi, P.A.

履歴

登録	2000年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fa3.cif.gz	611.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fa3.ent.gz	514.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fa3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/1fa3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/1fa3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5gu5-d 3zpv-17 4uyf-1 1kp4-d 1orj-2 6bya-4 3jvc-3 3zpv-13 5h4z-1 3tyj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: MNEI SWEET PROTEIN RELATED TO MONELLIN

11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 40	structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル

#1: タンパク質	MNEI SWEET PROTEIN RELATED TO MONELLIN 分子量: 11287.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / プラスミド: PET-22B+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02882, UniProt: P02881

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	HNHA
1	3	1	HSQC
1	4	1	HNHB
3	5	3	E-COSY
3	6	3	2D NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2mM MNEI U-15N; 18.5mM phosphate buffer K; 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	2mM MNEI; 18.5mM phosphate buffer K; 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
3	2mM MNEI; 18.5mM phosphate buffer; 100% D2O	100% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	18.5 mM phosphate buffer	2.9	ambient	308 K
2	18.5 mM phosphate buffer	2.9	ambient	308 K
3	18.5 mM phosphate buffer	2.9	ambient	308 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	1.7	Delaglio	解析
DYANA	1.5	Guentert	構造決定
Amber	5	Kollman	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics energy restrained minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1169 distance constraints, 184 dihedral angle restraints and 60 distance restraints from hydrogen bonds.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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