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- PDB-1f97: SOLUBLE PART OF THE JUNCTION ADHESION MOLECULE FROM MOUSE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f97
タイトルSOLUBLE PART OF THE JUNCTION ADHESION MOLECULE FROM MOUSE
要素JUNCTION ADHESION MOLECULE
キーワードCELL ADHESION / immunoglobulin superfamily / beta-sandwich fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Tight junction interactions / positive regulation of establishment of endothelial barrier / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / memory T cell extravasation / Integrin cell surface interactions / regulation of membrane permeability / establishment of endothelial intestinal barrier / Cell surface interactions at the vascular wall / protein localization to bicellular tight junction / actomyosin structure organization ...Tight junction interactions / positive regulation of establishment of endothelial barrier / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / memory T cell extravasation / Integrin cell surface interactions / regulation of membrane permeability / establishment of endothelial intestinal barrier / Cell surface interactions at the vascular wall / protein localization to bicellular tight junction / actomyosin structure organization / positive regulation of platelet aggregation / intestinal absorption / negative regulation of stress fiber assembly / regulation of bicellular tight junction assembly / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of Rho protein signal transduction / bicellular tight junction / epithelial cell differentiation / regulation of cytokine production / protein localization to plasma membrane / PDZ domain binding / cellular response to mechanical stimulus / integrin binding / regulation of cell shape / cell adhesion / protein homodimerization activity / protein-containing complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Junctional adhesion molecule A / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Junctional adhesion molecule A / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Junctional adhesion molecule A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kostrewa, D. / Brockhaus, M. / D'Arcy, A. / Dale, G. / Bazzoni, G. / Dejana, E. / Winkler, F. / Hennig, M.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: X-ray structure of junctional adhesion molecule: structural basis for homophilic adhesion via a novel dimerization motif.
著者: Kostrewa, D. / Brockhaus, M. / D'Arcy, A. / Dale, G.E. / Nelboeck, P. / Schmid, G. / Mueller, F. / Bazzoni, G. / Dejana, E. / Bartfai, T. / Winkler, F.K. / Hennig, M.
履歴
登録2000年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: JUNCTION ADHESION MOLECULE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8762
ポリマ－22,8511
非ポリマー241
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.540, 83.280, 130.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細homodimer, under certain conditions a fraction of tetramer

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要素

#1: タンパク質 JUNCTION ADHESION MOLECULE


分子量: 22851.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O88792
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% Peg 3350, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-15 mg/mlprotein1drop
225 %PEG33501reservoir
3200 mM1reservoirMgCl2
4100 mMTris1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. all: 18966 / Num. obs: 18966 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 24.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Num. unique all: 7497 / % possible all: 68.3
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. obs: 7497 / Num. measured all: 18966
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 68.3 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 3.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
SHARP位相決定
X-PLOR98精密化
精密化解像度: 2.5→25 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 750 -10% of data
Rwork0.15 ---
all0.15 7497 --
obs0.15 7497 89.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1566 0 1 70 1637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 98 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.15 / Rfactor Rfree: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.15
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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