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- PDB-1f7y: THE CRYSTAL STRUCTURE OF TWO UUCG LOOPS HIGHLIGHTS THE ROLE PLAYE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f7y
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF TWO UUCG LOOPS HIGHLIGHTS THE ROLE PLAYED BY 2'-HYDROXYL GROUPS IN ITS UNUSUAL STABILITY
要素
  • 16S RIBOSOMAL RNA FRAGMENT
  • 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
キーワードRIBOSOME / UUCG / TETRALOOP / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S15 signature. / Helix Hairpins / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / S15/NS1, RNA-binding / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ennifar, E. / Nikouline, A. / Serganov, A. / Tishchenko, S. / Nevskaya, N. / Garber, M. / Ehresmann, B. / Ehresmann, C. / Nikonov, S. / Dumas, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of UUCG tetraloop.
著者: Ennifar, E. / Nikulin, A. / Tishchenko, S. / Serganov, A. / Nevskaya, N. / Garber, M. / Ehresmann, B. / Ehresmann, C. / Nikonov, S. / Dumas, P.
履歴
登録2000年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年12月28日Group: Advisory
改定 1.42021年11月3日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 16S RIBOSOMAL RNA FRAGMENT
A: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,61314
ポリマ－29,3092
非ポリマー30412
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.800, 128.800, 65.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1012-

HOH

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要素

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RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 BA

#1: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA FRAGMENT


分子量: 18464.963 Da / 分子数: 1 / 断片: 57 RESIDUES / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN THERMUS THERMOPHILUS
#2: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15


分子量: 10844.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80378, UniProt: Q5SJ76*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 39分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 1 M (NH4)2SO4, 100 MM SODIUM CACODYLATE, 30 MM KCL, 1.5 MM MGCL2, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM CACODYLATE11
2KCL11
3MGCL211
4(NH4)2SO411
5KCL12
6MGCL212
7(NH4)2SO412
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
16 mg/mlRNA1drop
23 mg/mlS151drop
31.0 Mammonium sulfate1reservoir
41.5 mM1reservoirMgCl2
550 mM1reservoirKCl
650 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.2
71

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.94654
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94654 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 8164 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.038
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
Num. obs: 14823
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS0.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.8→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 578374.93 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 640 8.3 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 7679 98.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 85.64 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.97 Å22.6 Å20 Å2
2---5.97 Å20 Å2
3---11.95 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.36 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数721 1221 12 27 1981
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.97
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.172.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 101 8.6 %
Rwork0.346 1078 -
obs--92.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1LUC.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION2.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PROTEIN_REP.PA
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 8.3 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 61.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg16.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.97
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.442 / % reflection Rfree: 8.6 % / Rfactor Rwork: 0.346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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