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万見
- PDB-1f6v: SOLUTION STRUCTURE OF THE C TERMINAL OF MU B TRANSPOSITION PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f6v
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE C TERMINAL OF MU B TRANSPOSITION PROTEIN
要素DNA TRANSPOSITION PROTEIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Mu phage / recombination / transposition / ATPase / DNA binding / high salt / solution structure
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA transposition / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / DNA integration / DNA replication / host cell cytoplasm / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA Transposition Protein; Chain A / B transposition protein, C-terminal domain / B transposition protein, C-terminal / B transposition protein, C-terminal domain superfamily / Mu B transposition protein, C terminal / AAA domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent target DNA activator B
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage Mu (ファージ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Hung, L.-H. / Chaconas, G. / Shaw, G.S.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: The solution structure of the C-terminal domain of the Mu B transposition protein.
著者: Hung, L.H. / Chaconas, G. / Shaw, G.S.
履歴
登録2000年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA TRANSPOSITION PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2381
ポリマ－10,2381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with lowest energy and no restraint violations with phi psi angles in allowed regions
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA TRANSPOSITION PROTEIN / MU B TRANSPOSITION PROTEIN


分子量: 10237.761 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage Mu (ファージ)
属: Mu-like viruses / 解説: T7 PHAGE / プラスミド: PHH05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03763

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
132HNHA
1423D 15N-separated TOCSY
1532D NOESY
1632D TOCSY
17415N-HSQC
NMR実験の詳細Text: High ionic conditions precluded many of the standard triple resonance experiments.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.75 mM Mu B U-15N,13C; 20 mM phosphate buffer100% D2O
20.75 mM Mu B U-15N; 20 mM phosphate buffer90% H20, 10% D2O
30.75 mM Mu B NA; 20 mM phosphate buffer100% D2O
4Mu B U-15N-(combinations of Leu, Ile, Gly, Ser, Glu, Arg, Ala),20 mM phosphate buffer90% H20, 10% D2O
試料状態イオン強度: 1.5 M NaCl / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1Brunger精密化
NMRPipeDelaglio解析
VNMRcollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1047 NOE derived, and 55 dihedral constraints. There are no long-range NOEs observed for the first 8 residues which are disordered.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with lowest energy and no restraint violations with phi psi angles in allowed regions
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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