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- PDB-1f6s: CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE ALPHA-LACTALBUMIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f6s
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE ALPHA-LACTALBUMIN
要素ALPHA-LACTALBUMIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Calcium binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to 11-deoxycorticosterone / response to dehydroepiandrosterone / lactose synthase activity / lactose biosynthetic process / response to progesterone / lysozyme activity / response to estradiol / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / calcium ion binding ...response to 11-deoxycorticosterone / response to dehydroepiandrosterone / lactose synthase activity / lactose biosynthetic process / response to progesterone / lysozyme activity / response to estradiol / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / calcium ion binding / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Lactalbumin / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lactalbumin / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chrysina, E.D. / Brew, K. / Acharya, K.R.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of apo- and holo-bovine alpha-lactalbumin at 2. 2-A resolution reveal an effect of calcium on inter-lobe interactions.
著者: Chrysina, E.D. / Brew, K. / Acharya, K.R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structural Evidence for the Presence of a Secondary Calcium Binding Site in Human alpha-Lactalbumin
著者: Chandra, N. / Brew, K. / Acharya, K.R.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal Structures of Guinea-pig, Goat and Bovine alpha-Lactalbumin Highlight the Enhanced Conformational Flexibility of Regions that are Significant for its Action in Lactose Synthase
著者: Pike, A.C. / Brew, K. / Acharya, K.R.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of Human alpha-Lactalbumin at 1.7 A Resolution
著者: Acharya, K.R. / Ren, J.S. / Stuart, D.I. / Phillips, D.C. / Fenna, R.E.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Refined Structure of Baboon alpha-Lactalbumin at 1.7 A Resolution. Comparison with C-type Lysozyme
著者: Acharya, K.R. / Stuart, D.I. / Walker, N.P. / Lewis, M. / Phillips, D.C.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1986
タイトル: Alpha-Lactalbumin Possesses a Novel Calcium-Binding Loop
著者: Stuart, D.I. / Acharya, K.R. / Walker, N.P. / Smith, S.G. / Lewis, M. / Phillips, D.C.
履歴
登録2000年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年12月18日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ALPHA-LACTALBUMIN
B: ALPHA-LACTALBUMIN
C: ALPHA-LACTALBUMIN
D: ALPHA-LACTALBUMIN
E: ALPHA-LACTALBUMIN
F: ALPHA-LACTALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,45312
ポリマ－85,2126
非ポリマー2406
水1,60389
1
A: ALPHA-LACTALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2422
ポリマ－14,2021
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ALPHA-LACTALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2422
ポリマ－14,2021
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ALPHA-LACTALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2422
ポリマ－14,2021
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ALPHA-LACTALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2422
ポリマ－14,2021
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: ALPHA-LACTALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2422
ポリマ－14,2021
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: ALPHA-LACTALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2422
ポリマ－14,2021
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.045, 104.650, 117.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
ALPHA-LACTALBUMIN


分子量: 14202.048 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00711
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Polyethylene glycol, Potassium dihydrogen orthophosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 %PEG80001reservoir
20.05 Mpotassium dihydrogen orthophosphate1reservoir
320 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.847
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.847 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 45363 / Num. obs: 371734 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.517 / Num. unique all: 4182 / % possible all: 99.2
反射
*PLUS
Num. obs: 45363 / Num. measured all: 371734
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化解像度: 2.2→29.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1132224.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 4581 10.1 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 45348 98.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 72.59 Å2 / ksol: 0.416 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.21 Å20 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----4.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5850 0 6 89 5945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 740 10.2 %
Rwork0.299 6536 -
obs--96.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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