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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f6d | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 2-EPIMERASE FROM E. COLI. | ||||||
![]() | UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 2-EPIMERASE | ||||||
![]() | ISOMERASE / sugar-nucleotide epimerase / Rossmann fold / two domains / glycogen phosphorylase superfamily / UDP / dimer | ||||||
機能・相同性 | ![]() enterobacterial common antigen biosynthetic process / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / protein homodimerization activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Campbell, R.E. / Mosimann, S.C. / Tanner, M.E. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase reveals homology to phosphoglycosyl transferases. 著者: Campbell, R.E. / Mosimann, S.C. / Tanner, M.E. / Strynadka, N.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 313.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 265.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 67.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 94.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The asymetric unit contains two copies of the biological assembly which is a dimer constructed from chains A and B or chains C and D. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42765.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P27828, UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing) #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-UDP / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.3 詳細: 13 % PEG 8000, 0.3 M NaCl, 0.1 M sodium citrate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 50792 / Num. obs: 50775 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 29.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 21.6 | ||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Num. unique all: 2386 / % possible all: 89 | ||||||||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 163518 | ||||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89 % / Num. possible: 6804 / Num. unique obs: 2386 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→30.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2116010.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Structure was refined against the remote wavelenght data set (0.9400)
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.11 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: UGE_REFI.PARAM / Topol file: UGE_REFI.TOPOLOGY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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