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万見
- PDB-1f5f: CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL G-DOMAIN OF SHBG IN COMPLEX W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f5f
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL G-DOMAIN OF SHBG IN COMPLEX WITH ZINC
要素SEX HORMONE-BINDING GLOBULIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / Jellyroll
機能・相同性
機能・相同性情報


androgen binding / steroid binding / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / ISOPROPYL ALCOHOL / Sex hormone-binding globulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Avvakumov, V.A. / Muller, Y.A. / Hammond, G.L.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Steroid-binding specificity of human sex hormone-binding globulin is influenced by occupancy of a zinc-binding site.
著者: Avvakumov, G.V. / Muller, Y.A. / Hammond, G.L.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of Human Sex Hormone-Binding Globulin: Steroid Transport by a Laminin G-Like Domain
著者: Grishkovskaya, I. / Avvakumov, G.V. / Sklenar, G. / Dales, D. / Hammond, G.L. / Muller, Y.A.
履歴
登録2000年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEX HORMONE-BINDING GLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1326
ポリマ－22,6111
非ポリマー5215
水2,342130
1
A: SEX HORMONE-BINDING GLOBULIN
ヘテロ分子

A: SEX HORMONE-BINDING GLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,26412
ポリマ－45,2212
非ポリマー1,04310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)104.020, 104.020, 84.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chain A and a symmetry partner generated by a two-fold.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SEX HORMONE-BINDING GLOBULIN / SHBG


分子量: 22610.623 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL FRAGMENT OF SHBG (RESIDUES 1 TO 205) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04278

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非ポリマー , 5種, 135分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-DHT / 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / ジヒドロテストステロン


分子量: 290.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.88 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystal growth: ISOPROPANOL, PEG400, HEPES-buffer, CaCl2, DHT Crystals were soaked with 2.5 mM ZnCl2 for three days, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K
詳細: Grishkovskaya, I., (1999) Acta Crystallogr. Sec., D55, 2053
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
113 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium HEPES1drop
32.5 mM1dropCaCl2
40.003 mMDHT1drop
520 %2-propanol1reservoir
610 %PEG4001reservoir
7100 mMsodium HEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 0.933
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 18785 / Num. obs: 18785 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Num. unique all: 2825 / % possible all: 90.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 101085
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
REFMAC精密化
精密化解像度: 1.7→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1867 -Random
Rwork0.197 ---
all-18785 --
obs-18785 96.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1366 0 24 134 1524
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.035
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.832.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it5.285
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.853
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it6.96
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.832.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.853
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it5.285
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it6.96
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.353 / Rfactor obs: 0.285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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