PDB-1f53: NMR STRUCTURE OF KILLER TOXIN-LIKE PROTEIN SKLP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1f53

タイトル

NMR STRUCTURE OF KILLER TOXIN-LIKE PROTEIN SKLP

要素

YEAST KILLER TOXIN-LIKE PROTEIN

キーワード

TOXIN / killer toxin-like protein / SKLP / crystallin family

機能・相同性

Gamma-B Crystallin; domain 1 - #30 / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. (バクテリア)

手法

溶液NMR / distance geometry simulated annealing

データ登録者

Ohki, S. / Kariya, E. / Hiraga, K. / Wakamiya, A. / Isobe, T. / Oda, K. / Kainosho, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: NMR structure of Streptomyces killer toxin-like protein, SKLP: further evidence for the wide distribution of single-domain betagamma-crystallin superfamily proteins.
著者: Ohki, S.Y. / Kariya, E. / Hiraga, K. / Wakamiya, A. / Isobe, T. / Oda, K. / Kainosho, M.

履歴

登録	2000年6月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2000年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_sheet Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_sheet.number_strands
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1f53.cif.gz	39.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1f53.ent.gz	27.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1f53.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1f53_validation.pdf.gz	242.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1f53_full_validation.pdf.gz	242.6 KB	表示
XML形式データ	1f53_validation.xml.gz	6.7 KB	表示
CIF形式データ	1f53_validation.cif.gz	8.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/1f53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/1f53	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ag4 1bhu 1prs 1wkt 2bb2
類似構造データ	3i4o-2 1pkt-d 6wau-1 5tzd-4 2wyq-d 4cc3-4 3r27-2 2hh2-d 4goc-2 1l0s-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: YEAST KILLER TOXIN-LIKE PROTEIN

9.62 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / -
代表モデル

#1: タンパク質	YEAST KILLER TOXIN-LIKE PROTEIN 分子量: 9618.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces sp. (バクテリア) / Cell: F-287
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	2	3D 15N-separated NOESY
1	2	4	3D 13C-separated NOESY
1	3	3	2D NOESY
1	4	2	HMQC-J

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	~1mM U-13C,15N SKLP	90% H2O, 10% D2O, 100mM KCl pH6.0
2	~1mM U-15N SKLP	90% H2O, 10% D2O, 100mM KCl pH6.0
3	~1mM unlabeled SKLP	100% D2O, 100mM KCl pH6.0
4	~1mM U-13C,15N SKLP	100% D2O, 100mM KCl pH6.0

試料状態

pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 303 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX	Bruker	DMX	500	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	3

-
解析

NMR software

名称	分類
NMRPipe	解析
X-PLOR	構造決定
X-PLOR	精密化

精密化

手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 1

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