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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f3h | ||||||
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タイトル | X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN ANTI-APOPTOTIC PROTEIN SURVIVIN | ||||||
要素 | SURVIVIN | ||||||
キーワード | APOPTOSIS / APOPTOSIS INHIBITOR SURVIVIN / THIOL PROTEASE INHIBITOR / ALPHA-BETA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 survivin complex / establishment of chromosome localization / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / positive regulation of exit from mitosis / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / interphase microtubule organizing center / protein-containing complex localization ...survivin complex / establishment of chromosome localization / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / positive regulation of exit from mitosis / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / interphase microtubule organizing center / protein-containing complex localization / chromosome passenger complex / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / nuclear chromosome / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / cobalt ion binding / cytoplasmic microtubule / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / SUMOylation of DNA replication proteins / chromosome, centromeric region / mitotic cytokinesis / mitotic spindle assembly / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / centriole / tubulin binding / positive regulation of mitotic cell cycle / RHO GTPases Activate Formins / sensory perception of sound / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / spindle microtubule / kinetochore / small GTPase binding / spindle / Separation of Sister Chromatids / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / Neddylation / mitotic cell cycle / midbody / protein-folding chaperone binding / microtubule binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / microtubule / protein heterodimerization activity / cell division / protein phosphorylation / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.58 Å | ||||||
データ登録者 | Verdecia, M.A. / Huang, H. / Dutil, E. / Hunter, T. / Noel, J.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000 タイトル: Structure of the human anti-apoptotic protein survivin reveals a dimeric arrangement. 著者: Verdecia, M.A. / Huang, H. / Dutil, E. / Kaiser, D.A. / Hunter, T. / Noel, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f3h.cif.gz | 67.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f3h.ent.gz | 53.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f3h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1f3h_validation.pdf.gz | 389.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1f3h_full_validation.pdf.gz | 408.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1f3h_validation.xml.gz | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1f3h_validation.cif.gz | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/1f3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/1f3h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16432.773 Da / 分子数: 2 / 変異: L54M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PHIS8-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15392 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.47 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 8000, LITHIUMSULPHATE, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.58→54.12 Å / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 60.5 Å2 | ||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.58→2.64 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / % possible all: 95.5 | ||||||||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. obs: 15366 / % possible obs: 95.5 % / Num. measured all: 29469 / Rmerge(I) obs: 0.036 | ||||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.349 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.58→54.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1711716.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.36 Å2 / ksol: 0.3262 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.58→54.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.58→2.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.042 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 83.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.448 / % reflection Rfree: 4.7 % / Rfactor Rwork: 0.406 |