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万見
- PDB-3uij: Crystal structure of human Survivin K62Y/H80W mutant in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uij
タイトルCrystal structure of human Survivin K62Y/H80W mutant in complex with Smac/DIABLO(1-15) peptide
要素
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
  • Diablo homolog, mitochondrial
キーワードAPOPTOSIS/APOPTOSIS INHIBITOR / BIR domain / mitosis / T3 phosphorylated H3 binding / Smac/Diablo binding / APOPTOSIS-APOPTOSIS INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome localization / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / survivin complex / positive regulation of exit from mitosis / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / Release of apoptotic factors from the mitochondria / CD40 receptor complex / interphase microtubule organizing center ...chromosome localization / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / survivin complex / positive regulation of exit from mitosis / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / Release of apoptotic factors from the mitochondria / CD40 receptor complex / interphase microtubule organizing center / protein-containing complex localization / chromosome passenger complex / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / Regulation of the apoptosome activity / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / cobalt ion binding / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / intercellular bridge / spindle midzone / nuclear chromosome / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / mitotic cytokinesis / SUMOylation of DNA replication proteins / mitotic spindle assembly / chromosome, centromeric region / neuron apoptotic process / cytoplasmic microtubule / sensory perception of sound / positive regulation of mitotic cell cycle / intrinsic apoptotic signaling pathway / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / centriole / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / apoptotic signaling pathway / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic spindle organization / chromosome segregation / spindle microtubule / G2/M transition of mitotic cell cycle / RHO GTPases Activate Formins / tubulin binding / mitochondrial intermembrane space / kinetochore / small GTPase binding / microtubule cytoskeleton / Separation of Sister Chromatids / mitotic cell cycle / protein-folding chaperone binding / Neddylation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / midbody / microtubule binding / cell division / regulation of apoptotic process / regulation of cell cycle / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of apoptotic process / chromosome / apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Smac/DIABLO-like superfamily / Smac/DIABLO protein / Second Mitochondria-derived Activator of Caspases / : / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat ...Smac/DIABLO-like superfamily / Smac/DIABLO protein / Second Mitochondria-derived Activator of Caspases / : / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / Diablo IAP-binding mitochondrial protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.705 Å
データ登録者Du, J. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Recognition of H3T3ph and Smac/DIABLO N-terminal Peptides by Human Survivin.
著者: Du, J. / Kelly, A.E. / Funabiki, H. / Patel, D.J.
履歴
登録2011年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
P: Diablo homolog, mitochondrial
Q: Diablo homolog, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3446
ポリマ－36,2134
非ポリマー1312
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.358, 70.965, 82.348
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / Apoptosis inhibitor 4 / Apoptosis inhibitor survivin


分子量: 16553.844 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-142 / 変異: K62Y, H80W, K139E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC5, API4, IAP4 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: O15392
#2: タンパク質・ペプチド Diablo homolog, mitochondrial / Direct IAP-binding protein with low pI / Second mitochondria-derived activator of caspase / Smac


分子量: 1552.727 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-15 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NR28
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M sodium bromide, 12% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月11日
放射モノクロメーター: SI MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 14031 / Num. obs: 13947 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.512 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F3H

1f3h


解像度: 2.705→35.483 Å / SU ML: 0.73 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2417 690 4.95 %
Rwork0.2049 --
obs0.2066 13932 98.99 %
all-14622 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.178 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.0345 Å20 Å217.1109 Å2
2---13.9572 Å20 Å2
3---3.0046 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.705→35.483 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2280 0 2 15 2297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042342
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7283157
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.942887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003413
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7051-2.91390.39321270.33282562X-RAY DIFFRACTION97
2.9139-3.2070.33151440.25882663X-RAY DIFFRACTION100
3.207-3.67060.30241340.23332655X-RAY DIFFRACTION100
3.6706-4.6230.19661610.1722643X-RAY DIFFRACTION100
4.623-35.48550.20661240.18492719X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.74191.38670.19648.8124-1.2623.8931-0.1446-0.059-0.31260.79730.0383-0.0590.06070.04020.11980.5351-0.0481-0.0670.49870.02970.423-27.3926-7.3894-9.0625
20.43880.6503-1.1234-0.3855-0.01533.1324-0.0749-0.07490.2445-0.2073-0.10270.21420.7869-0.01640.11310.7668-0.00330.05770.48640.00210.7007-29.51076.01847.6473
34.24853.077-3.12124.2714-0.09334.45761.083-1.52361.59962.5707-0.4128-0.14031.6874-0.9385-0.44590.998-0.2557-0.0721.0147-0.17830.7966-14.631914.9737-19.704
40.99551.3768-1.84873.371-3.9745.41320.0228-0.29653.11391.73920.0436-1.6108-1.6385-0.01140.14130.9444-0.02750.04570.5906-0.07161.8888-12.512631.9099-25.9894
56.2987-0.36361.69627.8565-2.84888.0177-0.22970.47551.0671-0.53820.01-1.4896-0.42030.591-0.13310.464-0.02260.0320.66520.19471.1305-10.514323.8877-32.8223
63.31280.1941-0.1485-1.8656-0.6259-0.4227-0.00770.6150.0226-0.3659-0.0193-0.0101-0.1615-0.061-0.05570.816-0.00010.12340.62490.00941.08726.234410.5249-32.9435
79.9154-5.2654-6.65987.3381-0.9118.83031.09360.50121.00691.3744-0.1072-1.3099-0.603-0.9256-0.63351.3386-0.07310.07050.9366-0.130.7099-33.2564-9.94953.5598
80.8198-0.05090.18820.2376-0.00720.0417-1.0272-1.1199-1.78520.54770.80350.02631.4430.0307-0.15931.85660.35190.95850.99050.68391.4877-0.681627.8864-38.3345
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 5:97)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 98:140)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 6:14)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 15:34)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 35:97)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 98:140)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'P'
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'Q'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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