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万見
- PDB-1f3b: CRYSTAL STRUCTURE OF MGSTA1-1 IN COMPLEX WITH GLUTATHIONE CONJUGA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f3b
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MGSTA1-1 IN COMPLEX WITH GLUTATHIONE CONJUGATE OF BENZO[A]PYRENE EPOXIDE
要素GLUTATHIONE S-TRANSFERASE YA CHAIN
キーワードTRANSFERASE / glutathione S-transferase / GST / BPDE
機能・相同性
機能・相同性情報


Heme degradation / Azathioprine ADME / Glutathione conjugation / response to stilbenoid / 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / dinitrosyl-iron complex binding / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / steroid delta-isomerase activity / prostaglandin metabolic process ...Heme degradation / Azathioprine ADME / Glutathione conjugation / response to stilbenoid / 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / dinitrosyl-iron complex binding / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / steroid delta-isomerase activity / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / xenobiotic metabolic process / glutathione metabolic process / response to bacterium / peroxidase activity / protein homodimerization activity / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, alpha class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, alpha class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GBX / Glutathione S-transferase A1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Gu, Y. / Singh, S.V. / Ji, X.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Residue R216 and catalytic efficiency of a murine class alpha glutathione S-transferase toward benzo[a]pyrene 7(R),8(S)-diol 9(S), 10(R)-epoxide.
著者: Gu, Y. / Singh, S.V. / Ji, X.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of a Murine Glutathione S-Transferase in Complex with a Glutathione Conjugate of 4-Hydroxynon-2-enal in One Subunit and Glutathione in the Other: Evidence of Signaling ...タイトル: Crystal Structure of a Murine Glutathione S-Transferase in Complex with a Glutathione Conjugate of 4-Hydroxynon-2-enal in One Subunit and Glutathione in the Other: Evidence of Signaling across the Dimer Interface
著者: Xiao, B. / Singh, S.P. / Nanduri, B. / Awasthi, Y.C. / Zimniak, P. / Ji, X.
履歴
登録2000年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE YA CHAIN
B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE YA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2734
ポリマ－51,0622
非ポリマー1,2112
水9,440524
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.303, 93.637, 52.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-823-

HOH

21B-821-

HOH

31B-822-

HOH

41B-825-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 GLUTATHIONE S-TRANSFERASE YA CHAIN


分子量: 25530.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PET-11D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13745, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-GBX / 2-AMINO-4-[1-(CARBOXYMETHYL-CARBAMOYL)-2-(9-HYDROXY-7,8-DIOXO-7,8,9,10-TETRAHYDRO-BENZO[DEF]CHRYSEN-10-YLSULFANYL)-ETHYLCARBAMOYL]-BUTYRIC ACID / GLUTATHIONE CONJUGATE OF (+)-ANTI-BPDE


分子量: 605.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H27N3O9S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, isopropanol, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13.7 %protein1drop
27.5 %PEG40001drop
33.75 %2-propanol1drop
437 mMNa-HEPES1drop
52.6 mMGSBpd1drop
67.5 %2-propanol1reservoir
715 %PEG40001reservoir
875 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.0087
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0087 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 31785 / Num. obs: 31332 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.15 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 9.05
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Num. unique all: 3078 / % possible all: 97.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.42

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2→40 Å / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2341 1543 -RANDOM
Rwork0.1764 ---
obs0.1764 29606 94.1 %-
all-31149 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3584 0 86 524 4194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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