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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f37 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF A THIOREDOXIN-LIKE [2FE-2S] FERREDOXIN FROM AQUIFEX AEOLICUS | ||||||
![]() | FERREDOXIN [2FE-2S] | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / ferredoxin / [2Fe-2S] cluster / thioredoxin fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yeh, A.P. / Chatelet, C. / Soltis, S.M. / Kuhn, P. / Meyer, J. / Rees, D.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin from Aquifex aeolicus. 著者: Yeh, A.P. / Chatelet, C. / Soltis, S.M. / Kuhn, P. / Meyer, J. / Rees, D.C. #1: ![]() タイトル: A [2Fe-2S] protein from the hyperthermophilic bacterium Aquifex aeolicus 著者: Chatelet, C. / Gaillard, J. / Petillot, Y. / Louwagie, M. / Meyer, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 396.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 401.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a homodimer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12206.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: ammonium sulfate, p-dioxane, 2-(N-morpholino)-ethane sulfonic acid, pH 6.5, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 11218 / Num. obs: 11218 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 52.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 24.8 | |||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Num. unique all: 550 / % possible all: 99.8 | |||||||||||||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 74834 | |||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→500 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The data that was used in the refinement was collected at a wavelength of 1.5001 Angstroms. Due to the iron anomalous signal resulting from collecting at this wavelength, the structure was ...詳細: The data that was used in the refinement was collected at a wavelength of 1.5001 Angstroms. Due to the iron anomalous signal resulting from collecting at this wavelength, the structure was refined against the separate Friedel mates. The reported number of reflections used in the refinement counts each mate of a Friedel pair as a separate reflection.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→500 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS' / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 7.5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |