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- PDB-1f37: STRUCTURE OF A THIOREDOXIN-LIKE [2FE-2S] FERREDOXIN FROM AQUIFEX ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f37
タイトルSTRUCTURE OF A THIOREDOXIN-LIKE [2FE-2S] FERREDOXIN FROM AQUIFEX AEOLICUS
要素FERREDOXIN [2FE-2S]
キーワードELECTRON TRANSPORT / ferredoxin / [2Fe-2S] cluster / thioredoxin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin, 2Fe-2S
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yeh, A.P. / Chatelet, C. / Soltis, S.M. / Kuhn, P. / Meyer, J. / Rees, D.C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of a thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin from Aquifex aeolicus.
著者: Yeh, A.P. / Chatelet, C. / Soltis, S.M. / Kuhn, P. / Meyer, J. / Rees, D.C.
#1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1999
タイトル: A [2Fe-2S] protein from the hyperthermophilic bacterium Aquifex aeolicus
著者: Chatelet, C. / Gaillard, J. / Petillot, Y. / Louwagie, M. / Meyer, J.
履歴
登録2000年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN [2FE-2S]
B: FERREDOXIN [2FE-2S]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9486
ポリマ－24,4122
非ポリマー5364
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area10650 Å2
手法PISA
2
A: FERREDOXIN [2FE-2S]
B: FERREDOXIN [2FE-2S]
ヘテロ分子

A: FERREDOXIN [2FE-2S]
B: FERREDOXIN [2FE-2S]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,89612
ポリマ－48,8254
非ポリマー1,0728
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area20200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.079, 68.079, 102.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2024-

HOH

詳細The biological assembly is a homodimer

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要素

#1: タンパク質 FERREDOXIN [2FE-2S]


分子量: 12206.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66511
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: ammonium sulfate, p-dioxane, 2-(N-morpholino)-ethane sulfonic acid, pH 6.5, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
111 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
30.2 M1dropNaCl
41.6 Mammonium sulfate1reservoir
54-5 %(v/v)p-dioxane1reservoir
6100 mMMES1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1901
2901
3901
4901
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンSSRL BL9-211.5001
シンクロトロンSSRL BL9-221.734
シンクロトロンSSRL BL9-231.7415
シンクロトロンSSRL BL9-241.7968
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD1999年6月26日
ADSC QUANTUM 42CCD1999年6月26日
ADSC QUANTUM 43CCD1999年6月26日
ADSC QUANTUM 44CCD1999年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.50011
21.7341
31.74151
41.79681
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 11218 / Num. obs: 11218 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 52.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Num. unique all: 550 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 74834
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
Blu-Iceデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.3→500 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The data that was used in the refinement was collected at a wavelength of 1.5001 Angstroms. Due to the iron anomalous signal resulting from collecting at this wavelength, the structure was ...詳細: The data that was used in the refinement was collected at a wavelength of 1.5001 Angstroms. Due to the iron anomalous signal resulting from collecting at this wavelength, the structure was refined against the separate Friedel mates. The reported number of reflections used in the refinement counts each mate of a Friedel pair as a separate reflection.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1506 -Approximately 7.5% of the data were randomly selected for the R-free test set.
Rwork0.225 ---
all0.228 20358 --
obs0.228 20358 99.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1692 0 20 70 1782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.53
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 7.5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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