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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f2a | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CRUZAIN BOUND TO A VINYL SULFONE DERIVED INHIBITOR (II) | ||||||
要素 | CRUZAIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE / cysteine protease / covalent inhibitor / vinyl sulfone derived / P1' pocket | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cruzipain / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Brinen, L.S. / Hansell, E. / Roush, W.R. / McKerrow, J.H. / Fletterick, R.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000 タイトル: A target within the target: probing cruzain's P1' site to define structural determinants for the Chagas' disease protease. 著者: Brinen, L.S. / Hansell, E. / Cheng, J. / Roush, W.R. / McKerrow, J.H. / Fletterick, R.J. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: The Crystal Structure of Cruzain: a Therapeutic Target for Chagas' Disease 著者: McGrath, M.E. / Eakin, A.E. / Engel, J.C. / McKerrow, J.H. / Craik, C.S. / Fletterick, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f2a.cif.gz | 51.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f2a.ent.gz | 40.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f2a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1f2a_validation.pdf.gz | 453.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1f2a_full_validation.pdf.gz | 454 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1f2a_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1f2a_validation.cif.gz | 8.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/1f2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/1f2a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22715.133 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) プラスミド: DH5ALPHA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P25779, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-VS2 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.58 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: sodium citrate; micro seeding, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 5.8 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 24660 / Num. obs: 23603 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.65 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / % possible all: 82.8 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→30 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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