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- PDB-1eyv: THE CRYSTAL STRUCTURE OF NUSB FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eyv
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF NUSB FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS
要素N-UTILIZING SUBSTANCE PROTEIN B HOMOLOG
キーワードTRANSCRIPTION / helical bundle / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-utilizing Substance Protein B Homolog; Chain A / NusB-like / NusB antitermination factor / NusB/RsmB/TIM44 / NusB family / NusB-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Transcription antitermination protein NusB / Transcription antitermination protein NusB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Gopal, B. / Haire, L.F. / Cox, R.A. / Colston, M.J. / Major, S. / Brannigan, J.A. / Smerdon, S.J. / Dodson, G.G. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of NusB from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Gopal, B. / Haire, L.F. / Cox, R.A. / Colston, M.J. / Major, S. / Brannigan, J.A. / Smerdon, S.J. / Dodson, G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies on the N-utilizing substance-B (NusB) from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Gopal, B. / Cox, R.A. / Colston, M.J. / Dodson, G.G. / Smerdon, S.J. / Haire, L.F.
履歴
登録2000年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-UTILIZING SUBSTANCE PROTEIN B HOMOLOG
B: N-UTILIZING SUBSTANCE PROTEIN B HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7204
ポリマ－33,5302
非ポリマー1902
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.330, 63.540, 90.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chain A a symmetry partner generated by the two-fold.

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要素

#1: タンパク質 N-UTILIZING SUBSTANCE PROTEIN B HOMOLOG / NUSB PROTEIN


分子量: 16765.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
プラスミド: PET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P95020, UniProt: P9WIV1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Na HEPES buffer, pH 7.5, 2 % PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
結晶化
*PLUS
温度: 291 K
詳細: Gopal, B., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 64.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19 mg/mlprotein1drop
22.0 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 MNa HEPES1reservoir
42 %PEG4001reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンSRS PX9.610.87
シンクロトロンESRF BM142
検出器日付: 1999年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→15 Å / Num. all: 1501196 / Num. obs: 34118 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Num. unique all: 1328 / % possible all: 75
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
ARPモデル構築
REFMAC精密化
精密化解像度: 1.6→15 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1700 -RANDOM
Rwork0.19 ---
all-45657 --
obs-32254 95.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2008 0 10 291 2309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.4
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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