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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eyv | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF NUSB FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS | ||||||
要素 | N-UTILIZING SUBSTANCE PROTEIN B HOMOLOG | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / helical bundle / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Gopal, B. / Haire, L.F. / Cox, R.A. / Colston, M.J. / Major, S. / Brannigan, J.A. / Smerdon, S.J. / Dodson, G.G. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000 タイトル: The crystal structure of NusB from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Gopal, B. / Haire, L.F. / Cox, R.A. / Colston, M.J. / Major, S. / Brannigan, J.A. / Smerdon, S.J. / Dodson, G. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies on the N-utilizing substance-B (NusB) from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Gopal, B. / Cox, R.A. / Colston, M.J. / Dodson, G.G. / Smerdon, S.J. / Haire, L.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1eyv.cif.gz | 67.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1eyv.ent.gz | 51.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1eyv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1eyv_validation.pdf.gz | 385.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1eyv_full_validation.pdf.gz | 388.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1eyv_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1eyv_validation.cif.gz | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/1eyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/1eyv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer constructed from chain A a symmetry partner generated by the two-fold. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16765.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) プラスミド: PET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P95020, UniProt: P9WIV1*PLUS #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.75 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Na HEPES buffer, pH 7.5, 2 % PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 291 K詳細: Gopal, B., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 64. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 | 日付: 1999年5月26日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→15 Å / Num. all: 1501196 / Num. obs: 34118 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Num. unique all: 1328 / % possible all: 75 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→15 Å / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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