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- PDB-1eyg: Crystal structure of chymotryptic fragment of E. coli ssb bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eyg
タイトルCrystal structure of chymotryptic fragment of E. coli ssb bound to two 35-mer single strand DNAS
要素
  • SINGLE STRANDED 28-MER OF D(C)
  • SINGLE-STRAND DNA-BINDING PROTEIN
キーワードreplication/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / OB fold / Se-Met / MAD PHASING / SSB / binding mode / replication-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA-binding protein complex / SOS response / nucleoid / replisome / recombinational repair / mismatch repair / enzyme activator activity / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA replication ...single-stranded DNA-binding protein complex / SOS response / nucleoid / replisome / recombinational repair / mismatch repair / enzyme activator activity / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA replication / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Raghunathan, S. / Waksman, G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of the DNA binding domain of E. coli SSB bound to ssDNA.
著者: Raghunathan, S. / Kozlov, A.G. / Lohman, T.M. / Waksman, G.
履歴
登録2000年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Q: SINGLE STRANDED 28-MER OF D(C)
R: SINGLE STRANDED 28-MER OF D(C)
A: SINGLE-STRAND DNA-BINDING PROTEIN
B: SINGLE-STRAND DNA-BINDING PROTEIN
C: SINGLE-STRAND DNA-BINDING PROTEIN
D: SINGLE-STRAND DNA-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7796
ポリマ－71,7796
非ポリマー00
水70339
1
R: SINGLE STRANDED 28-MER OF D(C)
A: SINGLE-STRAND DNA-BINDING PROTEIN
B: SINGLE-STRAND DNA-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8903
ポリマ－35,8903
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Q: SINGLE STRANDED 28-MER OF D(C)
C: SINGLE-STRAND DNA-BINDING PROTEIN
D: SINGLE-STRAND DNA-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8903
ポリマ－35,8903
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.688, 71.081, 79.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: DNA鎖 SINGLE STRANDED 28-MER OF D(C)


分子量: 10076.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
SINGLE-STRAND DNA-BINDING PROTEIN / SSB-C


分子量: 12906.591 Da / 分子数: 4 / Fragment: CHYMOTRYPTIC FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AGE0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000,PEG 200, Hepes, pH 7.5, vapor diffusion, macro seeding, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Hepes11
2PEG 20011
3PEG 400011
4PEG 20012
5PEG 400012
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMHEPES1reservoir
230 %(v/v)PEG2001reservoir
320 %(v/v)PEG40001reservoir
41
51

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9686
検出器検出器: CCD / 日付: 1998年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 13499 / Num. obs: 11228 / % possible obs: 82.5 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 68.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.246
反射
*PLUS
Num. obs: 13271 / % possible obs: 97.6 % / Num. measured all: 44241 / Rmerge(I) obs: 0.035
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.89 Å / % possible obs: 96.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS0.5精密化
精密化解像度: 2.8→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 272185.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 1204 9.7 %RANDOM
Rwork0.256 ---
obs0.256 12430 91.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.06 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.87 Å20 Å25.42 Å2
2--9.82 Å20 Å2
3----5.95 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3245 960 0 39 4244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d30.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 144 8.4 %
Rwork0.307 1578 -
obs--77.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PA
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARA
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 3 / % reflection Rfree: 9.7 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 51.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg30.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.81
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.309 / % reflection Rfree: 8.4 % / Rfactor Rwork: 0.307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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