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- PDB-1ex7: CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST GUANYLATE KINASE IN COMPLEX WITH GUANO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ex7
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF YEAST GUANYLATE KINASE IN COMPLEX WITH GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
要素GUANYLATE KINASE
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / GUANYLATE KINASE / SUBSTRATE-INDUCED FIT / DOMAIN MOVEMENT / GMP / ATP (アデノシン三リン酸) / SUBSTRATE SPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


Azathioprine ADME / GDP biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / guanylate kinase / purine nucleotide metabolic process / guanylate kinase activity / リン酸化 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Guanylate kinase / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. ...Guanylate kinase / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Guanylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / REFINEMENT OF THE MODEL / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Blaszczyk, J. / Ji, X.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of unligated guanylate kinase from yeast reveals GMP-induced conformational changes.
著者: Blaszczyk, J. / Li, Y. / Yan, H. / Ji, X.
履歴
登録2000年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GUANYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0884
ポリマ－20,5331
非ポリマー5553
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.625, 50.625, 155.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 GUANYLATE KINASE /


分子量: 20533.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: PET17B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15454, guanylate kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP / グアニル酸


分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: ammonium sulfate, sodium phosphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
pH: 7
詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
310 mMGMP1drop
42.0 Mammonium sulfate1reservoir
550 mMsodium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.54178
検出器タイプ: MAC Science DIP-2000 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月5日 / 詳細: MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→15 Å / Num. all: 15836 / Num. obs: 15836 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 33.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 1.8455 / Num. unique all: 716 / % possible all: 86.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 72765
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: REFINEMENT OF THE MODEL
開始モデル: 1GKY

1gky


解像度: 1.9→15 Å / Num. parameters: 6733 / Num. restraintsaints: 6051 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: Least-squares refinement using the Konnert-Hendrickson conjugate-gradient algorithm
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1575 11.111 %RANDOM
Rwork0.1701 ---
obs0.1701 11611 84.7 %-
all-14174 --
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1975)201-228
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1688
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1446 0 34 208 1688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.044
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.085
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.1701 / Rfactor obs: 0.156
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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