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- PDB-1ewy: ANABAENA PCC7119 FERREDOXIN:FERREDOXIN-NADP+-REDUCTASE COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ewy
タイトルANABAENA PCC7119 FERREDOXIN:FERREDOXIN-NADP+-REDUCTASE COMPLEX
要素
  • FERREDOXIN I
  • FERREDOXIN-NADP REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSFER COMPLEX / PHOTOSYNTHESIS / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / FERREDOXIN / REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / CpcD-like domain / Ferredoxin--NADP reductase / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. ...Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / CpcD-like domain / Ferredoxin--NADP reductase / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Translation factors / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin-1 / Ferredoxin--NADP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7119 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Morales, R. / Charon, M.H. / Frey, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallographic studies of the interaction between the ferredoxin-NADP+ reductase and ferredoxin from the cyanobacterium Anabaena: looking for the elusive ferredoxin molecule.
著者: Morales, R. / Kachalova, G. / Vellieux, F. / Charon, M.H. / Frey, M.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: A Redox-Dependent Interaction between Two Electron-Transfer Partners Involved in Photosynthesis
著者: Morales, R. / Charon, M.H. / Kachalova, G. / Serre, L.S. / Medina, M. / Gomez-Moreno, C. / Frey, M.
履歴
登録2000年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300The biological molecule consists of one ferredoxin-NADP reductase and one ferredoxin I. Biomolecule ...The biological molecule consists of one ferredoxin-NADP reductase and one ferredoxin I. Biomolecule 2 in REMARK 350 is meaningless.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN-NADP REDUCTASE
B: FERREDOXIN-NADP REDUCTASE
C: FERREDOXIN I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5386
ポリマ－78,7913
非ポリマー1,7473
水1,60389
1
A: FERREDOXIN-NADP REDUCTASE
C: FERREDOXIN I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7104
ポリマ－44,7482
非ポリマー9612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: FERREDOXIN-NADP REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8282
ポリマ－34,0431
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.730, 63.720, 158.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 FERREDOXIN-NADP REDUCTASE


分子量: 34042.660 Da / 分子数: 2 / 断片: 138-440 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7119 (バクテリア) / 参照: UniProt: P21890, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: タンパク質 FERREDOXIN I


分子量: 10705.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7119 (バクテリア) / 参照: UniProt: P0A3C8
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20-24% PEG 6000,10 mM MES pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.7 mMoxidized FNR1drop
20.5 mMoxidized Fd1drop
30.1 MTris-HCl1droppH8.0
45 %beta-octylglucoside1drop
50.1 MMES1reservoirpH5.5
618-21 %(w/v)PEG60001reservoir
70.1 %(w/v)sodium azide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→30 Å / Num. all: 175226 / Num. obs: 25838 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.28→2.5 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 2586 / % possible all: 87.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 175226 / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Mean I/σ(I) obs: 7.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QUE FOR FERREDOXIN-NADP+REDUCTASE

1que


解像度: 2.38→15 Å / Num. parameters: 22871 / Num. restraintsaints: 23488 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: The Twin option in SHELX97 was used, with the TWIN 0 1 0 1 0 0 0 0 -1 2 command.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 2563 10 %RANDOM
Rwork0.2188 ---
all0.2317 25701 --
obs0.2317 23138 87.6 %-
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5503
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5523 0 110 89 5722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.001
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0329
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.003
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.098
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Rfactor all: 0.232 / Rfactor obs: 0.219 / Rfactor Rfree: 0.292 / Rfactor Rwork: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.003

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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