[日本語] English
万見
- PDB-1evw: L116A MUTANT OF THE HOMING ENDONUCLEASE I-PPOI COMPLEXED TO HOMIN... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1evw
タイトルL116A MUTANT OF THE HOMING ENDONUCLEASE I-PPOI COMPLEXED TO HOMING SITE DNA.
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*TP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*GP*CP*CP*A)-3')
  • I-PPOI HOMING ENDONUCLEASE
キーワードHydrolase/DNA / DNA binding B-sheets / C-terminal exchanged dimer interface / bent DNA / Hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
Homing Intron 3 (I-ppo) Encoded Endonuclease; Chain A / Homing Intron 3 (I-Ppo) Encoded Endonuclease; Chain A / Zinc-binding loop region of homing endonuclease / Homing endonuclease, His-Me finger superfamily / Zinc-binding loop region of homing endonuclease / His-Me finger superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Intron-encoded endonuclease I-PpoI
類似検索 - 構成要素
生物種Physarum polycephalum (真核生物)
手法X線回折 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Galburt, E.A. / Jurica, M.S. / Chevalier, B.S. / Erho, D. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Conformational changes and cleavage by the homing endonuclease I-PpoI: a critical role for a leucine residue in the active site.
著者: Galburt, E.A. / Chadsey, M.S. / Jurica, M.S. / Chevalier, B.S. / Erho, D. / Tang, W. / Monnat Jr., R.J. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2000年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*TP*AP*A)-3')
M: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*A)-3')
O: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*GP*CP*CP*A)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*TP*AP*A)-3')
N: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*A)-3')
P: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*GP*CP*CP*A)-3')
A: I-PPOI HOMING ENDONUCLEASE
B: I-PPOI HOMING ENDONUCLEASE
C: I-PPOI HOMING ENDONUCLEASE
D: I-PPOI HOMING ENDONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,05124
ポリマ－95,43112
非ポリマー62012
水00
1
E: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*TP*AP*A)-3')
M: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*A)-3')
O: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*GP*CP*CP*A)-3')
A: I-PPOI HOMING ENDONUCLEASE
B: I-PPOI HOMING ENDONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,02612
ポリマ－47,7156
非ポリマー3106
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*TP*AP*A)-3')
N: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*A)-3')
P: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*GP*CP*CP*A)-3')
C: I-PPOI HOMING ENDONUCLEASE
D: I-PPOI HOMING ENDONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,02612
ポリマ－47,7156
非ポリマー3106
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)182.000, 73.100, 92.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.40, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

-
要素

-
DNA鎖 , 4種, 8分子 EGMNFHOP

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*TP*AP*A)-3')


分子量: 3637.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: sequence correspons to I-PpoI's homing site
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 2475.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: sequence correspons to I-PpoI's homing site
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*A)-3')


分子量: 3612.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*GP*CP*CP*A)-3')


分子量: 2451.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#5: タンパク質
I-PPOI HOMING ENDONUCLEASE / I-PPOI / INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE I-PPOI


分子量: 17769.162 Da / 分子数: 4 / Mutation: L116A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Physarum polycephalum (真核生物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q94702

-
非ポリマー , 2種, 12分子

#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, MES pH 6.5, NaCl, MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES11
2NaCl11
3MgCl211
4MPD11
5MPD12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16 mg/mlprotein1drop
2200 mMammonium sulfate1reservoir
318 %PEG80001reservoir
4100 mMsodium cacodylate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 19707 / Num. obs: 19707 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / % possible all: 63.4
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 63.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 3.1→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32 1182 6 %random
Rwork0.273 ---
all-19707 --
obs-19707 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4968 1632 12 0 6612
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.45
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.86
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg28.2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 22.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.86

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る