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- PDB-1ev1: ECHOVIRUS 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ev1
タイトルECHOVIRUS 1
要素(ECHOVIRUS 1) x 4
キーワードVIRUS / VIRAL COAT PROTEIN / CAPSID / PICORNAVIRUS / ECHOVIRUS / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / PALMITIC ACID / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human echovirus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Wien, M.W. / Filman, D.J. / Hogle, J.M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / : 1998
タイトル: Structure determination of echovirus 1.
著者: D J Filman / M W Wien / J A Cunningham / J M Bergelson / J M Hogle /
要旨: The atomic structure of echovirus 1 (a member of the enterovirus genus of the picornavirus family) has been determined using cryo-crystallography and refined to 3.55 A resolution. Echovirus 1 ...The atomic structure of echovirus 1 (a member of the enterovirus genus of the picornavirus family) has been determined using cryo-crystallography and refined to 3.55 A resolution. Echovirus 1 crystallizes in space group P22121 with a = 352.45, b = 472.15 and c = 483.20 A. The crystals contain one full virus particle in the asymmetric unit allowing for 60-fold noncrystallographic symmetry averaging. The diffraction pattern shows strong pseudo-B-centering with reflections with h + l = 2n + 1 being systematically weak or absent below about 6 A resolution. The size of the unit cell and presence of pseudo-B-centering placed strong constraints on the allowed packing of the icosahedral particle in the crystal lattice. These constraints greatly facilitated the determination of the orientation and position of the virus by reducing the dimensionality of the search, but interactions between the crystallographic and noncrystallographic symmetries rendered the choice of space group ambiguous until very late in the structure determination. This structure determination provides a striking example of the power of packing analysis in molecular replacement and illustrates how subtle interactions between crystallographic and noncrystallographic symmetries can be resolved.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / : 1996
タイトル: A Pseudo-Cell Based Approach to Efficient Crystallographic Refinement of Viruses
著者: Jacobson, D.H. / Hogle, J.M. / Filman, D.J.
履歴
登録1997年12月2日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / refine / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _refine.pdbx_starting_model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: ECHOVIRUS 1
2: ECHOVIRUS 1
3: ECHOVIRUS 1
4: ECHOVIRUS 1
1: PALMITIC ACID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0856
ポリマ-93,6004
非ポリマー4852
25214
1
1: ECHOVIRUS 1
2: ECHOVIRUS 1
3: ECHOVIRUS 1
4: ECHOVIRUS 1
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,645,090360
ポリマ-5,616,003240
非ポリマー29,088120
4,324240
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
1: ECHOVIRUS 1
2: ECHOVIRUS 1
3: ECHOVIRUS 1
4: ECHOVIRUS 1
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 470 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)470,42430
ポリマ-468,00020
非ポリマー2,42410
36020
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: ECHOVIRUS 1
2: ECHOVIRUS 1
3: ECHOVIRUS 1
4: ECHOVIRUS 1
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 565 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)564,50936
ポリマ-561,60024
非ポリマー2,90912
43224
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)472.150, 483.200, 352.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 ECHOVIRUS 1


分子量: 31604.373 Da / 分子数: 1 / 断片: VP1, VP2, VP3, VP4 / 由来タイプ: 天然
詳細: ECHOVIRUS OBTAINED FROM THE ATCC, PASSED IN HELA CELLS, THEN PLAQUE PURIFIED AND EXPANDED
由来: (天然) Human echovirus 1 (ウイルス) / : Enterovirus / 細胞株: HELA CELLS / 生物種: Human enterovirus B / : FAROUK STRAIN / 参照: UniProt: O91734
#2: タンパク質 ECHOVIRUS 1


分子量: 28126.465 Da / 分子数: 1 / 断片: VP1, VP2, VP3, VP4 / 由来タイプ: 天然
詳細: ECHOVIRUS OBTAINED FROM THE ATCC, PASSED IN HELA CELLS, THEN PLAQUE PURIFIED AND EXPANDED
由来: (天然) Human echovirus 1 (ウイルス) / : Enterovirus / 細胞株: HELA CELLS / 生物種: Human enterovirus B / : FAROUK STRAIN / 参照: UniProt: O91734
#3: タンパク質 ECHOVIRUS 1


分子量: 26471.074 Da / 分子数: 1 / 断片: VP1, VP2, VP3, VP4 / 由来タイプ: 天然
詳細: ECHOVIRUS OBTAINED FROM THE ATCC, PASSED IN HELA CELLS, THEN PLAQUE PURIFIED AND EXPANDED
由来: (天然) Human echovirus 1 (ウイルス) / : Enterovirus / 細胞株: HELA CELLS / 生物種: Human enterovirus B / : FAROUK STRAIN / 参照: UniProt: O91734
#4: タンパク質 ECHOVIRUS 1


分子量: 7398.131 Da / 分子数: 1 / 断片: VP1, VP2, VP3, VP4 / 由来タイプ: 天然
詳細: ECHOVIRUS OBTAINED FROM THE ATCC, PASSED IN HELA CELLS, THEN PLAQUE PURIFIED AND EXPANDED
由来: (天然) Human echovirus 1 (ウイルス) / : Enterovirus / 細胞株: HELA CELLS / 生物種: Human enterovirus B / : FAROUK STRAIN / 参照: UniProt: O91734

-
非ポリマー , 3種, 16分子 1

#5: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C16H32O2
#6: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C14H28O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 6 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlvirus11
230 %sucrose11
31 mM11NaCl
410 mMPIPES11
525 mM11MgCl2
61 mM11CaCl2
710 mMPIPES1reservoir
825 mM1reservoirCaCl2
925 mM1reservoirMgCl2
102.5 %PEG4001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年8月1日 / 詳細: SUPPER LONG MIRRORS
放射モノクロメーター: SUPPER LONG MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.55→50 Å / Num. obs: 947283 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.136
反射 シェル解像度: 3.55→3.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.241
反射
*PLUS
Num. measured all: 3522138

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3モデル構築
X-PLOR3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.55→50 Å
Isotropic thermal model: ISOTROPIC THERMAL MOTION THE MODEL WAS TAKEN INTO ACCOUNT BY USING 12 OR 16 RESOLUTION-DEPENDENT BIN SCALES IN ALL STRUCTURE FACTOR COMPARISONS.
詳細: PROTOMER-BOX-BASED PSEUDO-REAL-SPACE PROGRAM BY FILMAN, JACOBSON, AND HOGLE WAS ALSO USED.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.263 --
obs0.263 947283 97.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6528 0 33 14 6575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.76
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.29
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: STRICT ICOSAHEDRAL SYMMETRY WAS ENFORCED. TO GENERATE THE ASYMMETRIC UNIT IN P 21 21 2, THE ICOSAHEDRAL PARTICLE WAS ROTATED BY THE MATRIX: 0.52131 0.85335 -.00519 -.00061 0.00646 ...NCS model details: STRICT ICOSAHEDRAL SYMMETRY WAS ENFORCED. TO GENERATE THE ASYMMETRIC UNIT IN P 21 21 2, THE ICOSAHEDRAL PARTICLE WAS ROTATED BY THE MATRIX: 0.52131 0.85335 -.00519 -.00061 0.00646 0.99998 0.85337 -.52129 0.00389 AND TRANSLATED TO THE FRACTIONAL COORDINATES: 0.24950 0.19623 0.25000
LS精密化 シェル解像度: 3.55→3.66 Å / Total num. of bins used: 16 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.298 54758 -
obs--81 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.29
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.298

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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