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- PDB-1eue: RAT OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE CYTOCHROME B5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eue
タイトルRAT OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE CYTOCHROME B5
要素CYTOCHROME B5
キーワードELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME / HEME
機能・相同性
機能・相同性情報


Sphingolipid de novo biosynthesis / Phase I - Functionalization of compounds / nitric-oxide synthase complex / nitrite reductase (NO-forming) activity / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / enzyme activator activity / nitric oxide biosynthetic process / mitochondrial outer membrane / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome b5 type B
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Oganesyan, V. / Zhang, X.
引用ジャーナル: FARADAY DISC.CHEM.SOC / 年: 2001
タイトル: Modulation of redox potential in electron transfer proteins: effects of complex formation on the active site microenvironment of cytochrome b5.
著者: Wirtz, M. / Oganesyan, V. / Zhang, X. / Studer, J. / Rivera, M.
履歴
登録2000年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年2月19日Group: Database references
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME B5
B: CYTOCHROME B5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9254
ポリマ－19,6922
非ポリマー1,2332
水1,58588
1
A: CYTOCHROME B5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4622
ポリマ－9,8461
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CYTOCHROME B5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4622
ポリマ－9,8461
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.230, 70.770, 72.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME B5


分子量: 9845.826 Da / 分子数: 2 / 断片: WATER SOLUBLE DOMAIN / 変異: V45I, V61I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Cell: HEPATOCYTE / 細胞内の位置: OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / プラスミド: PET 11A / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASMIC SPACE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04166
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 20% PEG 8000, 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M PIPES, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
詳細: drop solution is mixed 1:1 by volume with precipitant solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
220 %(w/v)PEG80001reservoirprecipitant
30.2 Mmagnesium acetate1reservoirprecipitant
40.1 MPIPES1reservoirprecipitant

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年1月15日 / 詳細: OSMIC
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→24.2 Å / Num. obs: 21091 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 91.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AWP

1awp


解像度: 1.8→11.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1103526.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1040 4.9 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 21091 93.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.14 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.48 Å20 Å20 Å2
2---7.24 Å20 Å2
3----6.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→11.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1388 0 86 88 1562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 148 4.9 %
Rwork0.297 2867 -
obs--81.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4HEAM.PARHEAM.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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