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- PDB-1etp: CRYSTAL STRUCTURE OF CYTOCHROME C4 FROM PSEUDOMONAS STUTZERI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1etp
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CYTOCHROME C4 FROM PSEUDOMONAS STUTZERI
要素CYTOCHROME C4
キーワードELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME C4 / DIHEME PROTEIN / PSEUDOMONAS STUTZERI
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c4-like / : / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c4
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kadziola, A. / Larsen, S.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the dihaem cytochrome c4 from Pseudomonas stutzeri determined at 2.2A resolution.
著者: Kadziola, A. / Larsen, S.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: Electron Transfer and Spectral Alpha-Band Properties of the Di-Heme Protein Cytochrome C4 from Pseudomonas Stutzeri
著者: Conrad, L.S. / Karlsson, J.J. / Ulstrup, J.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Investigations of Cytochrome C4 from Pseudomonas Stutzeri
著者: Kadziola, A. / Larsen, S. / Christensen, H.M. / Karlsson, J.-J. / Ulstrup, J.
#3: ジャーナル: Gene / 年: 1994
タイトル: Cloning and Characterisation of the Gene Encoding Cytochrome C4 from Pseudomonas Stutzeri
著者: Christensen, H.E.
履歴
登録1996年1月23日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C4
B: CYTOCHROME C4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8666
ポリマ－39,4002
非ポリマー2,4664
水2,486138
1
A: CYTOCHROME C4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9333
ポリマ－19,7001
非ポリマー1,2332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CYTOCHROME C4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9333
ポリマ－19,7001
非ポリマー1,2332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.490, 58.580, 63.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.798002, 0.444533, -0.40692), (-0.557893, -0.800268, 0.219832), (-0.227923, 0.402444, 0.886617)
ベクター: 20.5437, 22.6585, -32.0602)

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C4


分子量: 19700.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas stutzeri (バクテリア) / 参照: UniProt: Q52369
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RESIDUES HIS 18 AND MET 66 FORM HEME IRON LIGAND BONDS TO THE N-TERMINAL HEME WHILE HIS 123 AND MET ...RESIDUES HIS 18 AND MET 66 FORM HEME IRON LIGAND BONDS TO THE N-TERMINAL HEME WHILE HIS 123 AND MET 167 FORM HEME IRON LIGAND BONDS TO THE C-TERMINAL HEME.
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE DEPOSITOR INDICATED THAT THE CHARGE ON THE HEME GROUP IS 2+ OR 3+.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Kadziola, A., (1995) Acta Crystallogr.,Sect.D, 51, 1071.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
22.5 mMTris1drop
30.05 M1dropNaCl
40.1 Mammonium acetate1drop
515 %PEG40001drop
60.05 Msodium citrate1drop
70.2 Mammonium acetate1reservoir
830 %PEG40001reservoir
90.1 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 274 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年3月12日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→58.7 Å / Num. obs: 18020 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 13.5
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.033

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 0
詳細: RAMACHANDRAN PLOT ONE RESIDUE IN EACH MOLECULE (LISTED BELOW) ARE FOUND IN THE 'FORBIDDEN' REGION OF THE RAMACHANDRAN PLOT. BOTH RESIDUES ARE SITUATED IN REGIONS WITH WELL DEFINED ELECTRON ...詳細: RAMACHANDRAN PLOT ONE RESIDUE IN EACH MOLECULE (LISTED BELOW) ARE FOUND IN THE 'FORBIDDEN' REGION OF THE RAMACHANDRAN PLOT. BOTH RESIDUES ARE SITUATED IN REGIONS WITH WELL DEFINED ELECTRON DENSITY. PHI PSI OMEGA 1 ALA A 124 65.95 149.82 -180.00 2 ALA B 124 76.18 151.83 -179.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 -10 %
Rwork0.201 --
obs0.201 17609 97.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 22.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2756 0 172 138 3066
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.73
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.46
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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