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- PDB-1etj: AZURIN MUTANT WITH MET 121 REPLACED BY GLU -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1etj
タイトルAZURIN MUTANT WITH MET 121 REPLACED BY GLU
要素AZURIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / COPPER / PERIPLASMIC
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Karlsson, B.G. / Tsai, L.-C. / Nar, H. / Sanders-Loehr, J. / Bonander, N. / Langer, V. / Sjolin, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: X-ray structure determination and characterization of the Pseudomonas aeruginosa azurin mutant Met121Glu.
著者: Karlsson, B.G. / Tsai, L.C. / Nar, H. / Sanders-Loehr, J. / Bonander, N. / Langer, V. / Sjolin, L.
履歴
登録1997年1月11日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AZURIN
B: AZURIN
C: AZURIN
D: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0938
ポリマ－55,8394
非ポリマー2544
水5,549308
1
A: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0232
ポリマ－13,9601
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0232
ポリマ－13,9601
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0232
ポリマ－13,9601
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0232
ポリマ－13,9601
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.580, 60.940, 81.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
AZURIN


分子量: 13959.717 Da / 分子数: 4 / 変異: M121E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: P00282
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: THE BLUISH WELL-FORMED PRISMATIC CRYSTALS OF THE TITLE PROTEIN WERE OBTAINED BY THE VAPOR-DIFFUSION HANGING-DROP TECHNIQUE FROM A SOLUTION CONTAINING 25% PEG4000, 0.24M CALCIUM DICHLORIDE AND ...詳細: THE BLUISH WELL-FORMED PRISMATIC CRYSTALS OF THE TITLE PROTEIN WERE OBTAINED BY THE VAPOR-DIFFUSION HANGING-DROP TECHNIQUE FROM A SOLUTION CONTAINING 25% PEG4000, 0.24M CALCIUM DICHLORIDE AND 0.26M LITHIUM NITRATE BUFFER AT PH 6.0 AND AT THE TEMPERATURE OF 24 - 25 CENTIGRADE IN AROUND 10 DAYS., vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 g/Lprotein11
225 %PEG400012
380 mMsodium acetate12
480 mM12CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→8 Å / Num. obs: 17964 / % possible obs: 75.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.77 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.115
反射
*PLUS
Num. measured all: 47678

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解析

ソフトウェア
名称分類
MADNESデータ収集
X-PLOR精密化
X-PLORモデル構築
MADNESデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: WILD TYPE AZURIN MONOMER

Rfactor Rwork: 0.184 / Rfactor obs: 0.184 / 最高解像度: 2.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3900 0 4 308 4212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.18
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 15836
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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