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- PDB-1et4: CRYSTAL STRUCTURE OF A VITAMIN B12 BINDING RNA APTAMER WITH LIGAN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1et4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A VITAMIN B12 BINDING RNA APTAMER WITH LIGAND AT 2.3 A
要素RNA APTAMER, 35-MER
キーワードRNA / B12 BINDING RNA / VITAMIN B12 / COBALAMIN
機能・相同性CYANOCOBALAMIN / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sussman, D. / Wilson, C.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: A water channel in the core of the vitamin B(12) RNA aptamer.
著者: Sussman, D. / Wilson, C.
履歴
登録2000年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年12月28日Group: Advisory
改定 2.02021年8月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_chiral / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA APTAMER, 35-MER
B: RNA APTAMER, 35-MER
C: RNA APTAMER, 35-MER
D: RNA APTAMER, 35-MER
E: RNA APTAMER, 35-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,18610
ポリマ－56,4045
非ポリマー6,7825
水13,061725
1
A: RNA APTAMER, 35-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6372
ポリマ－11,2811
非ポリマー1,3561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA APTAMER, 35-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6372
ポリマ－11,2811
非ポリマー1,3561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RNA APTAMER, 35-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6372
ポリマ－11,2811
非ポリマー1,3561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: RNA APTAMER, 35-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6372
ポリマ－11,2811
非ポリマー1,3561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: RNA APTAMER, 35-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6372
ポリマ－11,2811
非ポリマー1,3561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.27, 98.08, 217.97
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number23
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MI222

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要素

#1: RNA鎖
RNA APTAMER, 35-MER


分子量: 11280.819 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: COMPLEXED WITH CYANO COBALAMIN
#2: 化合物
ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN


分子量: 1356.373 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H89CoN14O14P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 725 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 6.9 M LICL, 8.0 % ISOPROPANOL, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ISOPROPANOL11
2LICL11
3ISOPROPANOL12
4LICL12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16.5-6.9 M1reservoirLiCl
26-8 %isopropanol1reservoir
315 %isopropanol1drop
42.5-5 mM1dropMgCl2

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.6
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.6 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→10 Å / Num. all: 39042 / Num. obs: 39042 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.095
反射
*PLUS
% possible obs: 89.2 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 57.7 % / Rmerge(I) obs: 0.311

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解析

ソフトウェア
名称分類
EPMR位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.3→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1914 5.3 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 35761 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3755 465 725 4945
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 220 Å / % reflection Rfree: 5.3 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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