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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ern | ||||||
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タイトル | NATIVE STRUCTURE OF THE EXTRACELLULAR DOMAIN OF ERYTHROPOIETIN (EPO) RECEPTOR [EBP] | ||||||
![]() | PROTEIN (ERYTHROPOIETIN RECEPTOR) | ||||||
![]() | CYTOKINE / ERYTHROPOIETIN RECEPTOR / SIGNAL TRANSDUCTION / CYTOKINE RECEPTOR CLASS 1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development / cytokine-mediated signaling pathway ...erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development / cytokine-mediated signaling pathway / heart development / nuclear speck / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Livnah, O. / Stura, E.A. / Wilson, I.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic evidence for preformed dimers of erythropoietin receptor before ligand activation. 著者: Livnah, O. / Stura, E.A. / Middleton, S.A. / Johnson, D.L. / Jolliffe, L.K. / Wilson, I.A. #1: ![]() タイトル: Functional Mimicry of a Protein Hormone by a Peptide Agonist: The Epo Receptor Complex at 2.8 A 著者: Livnah, O. / Stura, E.A. / Johnson, D.L. / Middleton, S.A. / Mulcahy, L.S. / Wrighton, N.C. / Dower, W.J. / Jolliffe, L.K. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 375.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 396 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ebpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23511.660 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.7 / 詳細: pH 7.7 | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22.5 ℃ / pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 160 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 14951 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 97 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97 % / Rmerge(I) obs: 0.28 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1EBP 解像度: 2.4→50 Å / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.216 / Rfactor Rwork: 0.216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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