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万見
- PDB-1epi: THREE-DIMENSIONAL NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE STRUCTURES OF MOUSE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1epi
タイトルTHREE-DIMENSIONAL NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE STRUCTURES OF MOUSE EPIDERMAL GROWTH FACTOR IN ACIDIC AND PHYSIOLOGICAL PH SOLUTIONS
要素EPIDERMAL GROWTH FACTOR
キーワードGROWTH FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by ERBB4 / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Signaling by EGFR / PI3K events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by ERBB2 / GAB1 signalosome ...Signaling by ERBB4 / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Signaling by EGFR / PI3K events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by ERBB2 / GAB1 signalosome / ERBB2 Regulates Cell Motility / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Downregulation of ERBB2 signaling / EGFR downregulation / negative regulation of secretion / regulation of protein transport / negative regulation of cholesterol efflux / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / RAF/MAP kinase cascade / cerebellar granule cell precursor proliferation / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of epithelial tube formation / Platelet degranulation / positive regulation of protein localization to early endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of calcium ion import / regulation of protein localization to cell surface / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / ERBB2-EGFR signaling pathway / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of DNA biosynthetic process / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive regulation of DNA binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of receptor internalization / mammary gland alveolus development / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of endothelial cell proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / growth factor activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / angiogenesis / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor ligand activity / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pro-epidermal growth factor / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / : / Calcium-binding EGF domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin ...Pro-epidermal growth factor / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / : / Calcium-binding EGF domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-epidermal growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR
データ登録者Kohda, D. / Inagaki, F.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Three-dimensional nuclear magnetic resonance structures of mouse epidermal growth factor in acidic and physiological pH solutions.
著者: Kohda, D. / Inagaki, F.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Structure of Epidermal Growth Factor Bound to Perdeuterated Dodecylphosphocholine Micelles Determined by Two-Dimensional NMR and Simulated Annealing Calculations
著者: Kohda, D. / Inagaki, F.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Characterization of Ph Titration Shifts for All the Nonlabile Proton Resonances in a Protein by Two-Dimensional NMR: The Case of Mouse Epidermal Growth Factor
著者: Kohda, D. / Sawada, T. / Inagaki, F.
#3: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1988
タイトル: Tertiary Structure of Mouse Epidermal Growth Factor Determined by Two-Dimensional 1H NMR
著者: Kohda, D. / Go, N. / Hayashi, K. / Inagaki, F.
#4: ジャーナル: Biochem.Int. / 年: 1988
タイトル: A Comparative 1H NMR Study of Mouse Alpha(1-53) and Beta(2-53) Epidermal Growth Factors
著者: Kohda, D. / Kodama, C. / Kase, R. / Nomoto, H. / Hayashi, K. / Inagaki, F.
#5: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1988
タイトル: Complete Sequence-Specific 1H Nuclear Magnetic Resonance Assignments for Mouse Epidermal Growth Factor
著者: Kohda, D. / Inagaki, F.
履歴
登録1992年3月24日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EPIDERMAL GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0511
ポリマ－6,0511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 EPIDERMAL GROWTH FACTOR


分子量: 6050.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01132
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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