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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ep1 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF LACTOCOCCUS LACTIS DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE B | ||||||
要素 | (DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE B ...) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Heterotetramer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydroorotate dehydrogenase (NAD+) / dihydroorotate dehydrogenase (NAD+) activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactococcus lactis (乳酸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Rowland, P. / Norager, S. / Jensen, K.F. / Larsen, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000 タイトル: Structure of dihydroorotate dehydrogenase B: electron transfer between two flavin groups bridged by an iron-sulphur cluster. 著者: Rowland, P. / Norager, S. / Jensen, K.F. / Larsen, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ep1.cif.gz | 127.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ep1.ent.gz | 97.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ep1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ep1_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ep1_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1ep1_validation.xml.gz | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ep1_validation.cif.gz | 36.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/1ep1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/1ep1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a heterotetramer. There is a crystallographic two-fold axis through the center of the heterotetramer, passing through a small hydrophobic cavity between the two chain A molecules of the heterotetramer at approximate coordinates (47.61, 34.32, 13.52). The heterotetramer is held together by the two chain A molecules, with the two chain B molecules making few close contacts with each other. |
-要素
-DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE B ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 32977.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54322, EC: 1.3.3.1 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28559.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56968, EC: 1.3.3.1 |
-非ポリマー , 4種, 198分子
#3: 化合物 | ChemComp-FMN / |
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#4: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#5: 化合物 | ChemComp-FES / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6 詳細: Rowland, P., (1997) Acta Crystallogr., Sect.D, 53, 802. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.912 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.912 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30.7 Å / Num. all: 75830 / Num. obs: 29987 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Num. unique all: 1471 / % possible all: 92.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 75830 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→30.7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30.7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30.7 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.202 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |