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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eow | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF RIBONUCLEASE A COMPLEXED WITH URIDYLYL(2',5')GUANOSINE (NON-PRODUCTIVE BINDING) | ||||||
要素 | RIBONUCLEASE PANCREATIC | ||||||
キーワード | HYDROLASE / NON-PRODUCTIVE BINDING / PROTEIN-NUCLEOTIDE INTERACTIONS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Vitagliano, L. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000 タイトル: Productive and nonproductive binding to ribonuclease A: X-ray structure of two complexes with uridylyl(2',5')guanosine. 著者: Vitagliano, L. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: A Potential Allosteric Subsite Generated by Domain Swapping in Bovine Seminal Ribonuclease 著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Sica, F. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1eow.cif.gz | 34 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1eow.ent.gz | 25.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1eow.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1eow_validation.pdf.gz | 451.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1eow_full_validation.pdf.gz | 451.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1eow_validation.xml.gz | 4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1eow_validation.cif.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/1eow ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/1eow | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-U2G / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.76 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: free interface diffusion / pH: 5.5 詳細: 2-METHYL-2-PROPANOL, pH 5.5, FREE INTERFACE DIFFUSION, temperature 298.0K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 5.3 / 詳細: Berisio, R., (1999) J. Mol. Biol., 292, 845. | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2030B / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→15 Å / Num. all: 10866 / Num. obs: 10866 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Num. unique all: 1011 / % possible all: 92.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 60998 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / Total num. of bins used: 8 /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.259 |