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万見
- PDB-1eon: ECORV BOUND TO 3'-S-PHOSPHOROTHIOLATE DNA AND CA2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eon
タイトルECORV BOUND TO 3'-S-PHOSPHOROTHIOLATE DNA AND CA2+
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*(TSP)P*AP*TP*CP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*AP*AP*GP*AP*(TSP)P*AP*TP*CP*TP*T)-3')
  • TYPE II RESTRICTION ENZYME ECORV
キーワードhydrolase/DNA / protein-nucleic acid recognition / restriction enzyme / DNA analog / metal ion catalysis / hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, EcoRV / Restriction endonuclease, type II, EcoRV, Proteobacteria / Restriction endonuclease EcoRV / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme EcoRV
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Horton, N.C. / Connolly, B.A. / Perona, J.J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2000
タイトル: Inhibition of EcoRV Endonuclease by Deoxyribo-3'-S-phosphorothiolates: A High-Resolution X-ray Crystallographic Study
著者: Horton, N.C. / Connolly, B.A. / Perona, J.J.
履歴
登録2000年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月31日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_conn / Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*(TSP)P*AP*TP*CP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*GP*AP*(TSP)P*AP*TP*CP*TP*T)-3')
A: TYPE II RESTRICTION ENZYME ECORV
B: TYPE II RESTRICTION ENZYME ECORV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,36310
ポリマ－64,1014
非ポリマー2626
水6,431357
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.9, 48.6, 63.9
Angle α, β, γ (deg.)96.9, 108.9, 106.8
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a dimer composed of chains A and B / The biological assembly is a duplex composed of chains C and D

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*(TSP)P*AP*TP*CP*TP*T)-3')


分子量: 3372.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*AP*GP*AP*(TSP)P*AP*TP*CP*TP*T)-3')


分子量: 3348.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 TYPE II RESTRICTION ENZYME ECORV / E.C.3.1.21.4 / ENDONUCLEASE ECORV / R.ECORV


分子量: 28690.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04390, type II site-specific deoxyribonuclease

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非ポリマー , 3種, 363分子

#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.55 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 4000, 0.1 M HEPES, 0.15 M NaCl, 50m M CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1HEPES11
2NaCl11
3CaCl211
4PEG 400011
5PEG 400012
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlEcoRV1drop
21.0 mg/mlDNA1drop
3100 mMHEPES1reservoir
4150 mM1reservoirNaCl
510-15 %PEG40001reservoir
650 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.05
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→20 Å / Num. all: 65611 / Num. obs: 65611 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.96 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.58→1.63 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Num. unique all: 5936 / % possible all: 92.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 128582
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.8 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.6→4.8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: X-Plor
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 1233 2 %random
Rwork0.229 ---
all0.23 61223 --
obs0.23 61223 95.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→4.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3774 444 4 365 4587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.4
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 2 % / Rfactor obs: 0.229
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 23.1 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 2.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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