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- PDB-1enp: BRASSICA NAPUS ENOYL ACP REDUCTASE/NADH BINARY COMPLEX AT PH 8.0 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1enp
タイトルBRASSICA NAPUS ENOYL ACP REDUCTASE/NADH BINARY COMPLEX AT PH 8.0 AND ROOM TEMPERATURE
要素ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / PLANT LIPID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / chloroplast / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH], chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica napus (セイヨウアブラナ)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Rafferty, J.B. / Rice, D.W.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Common themes in redox chemistry emerge from the X-ray structure of oilseed rape (Brassica napus) enoyl acyl carrier protein reductase.
著者: Rafferty, J.B. / Simon, J.W. / Baldock, C. / Artymiuk, P.J. / Baker, P.J. / Stuitje, A.R. / Slabas, A.R. / Rice, D.W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization of the Nadh-Specific Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase from Brassica Napus
著者: Rafferty, J.B. / Simon, J.W. / Stuitje, A.R. / Slabas, A.R. / Fawcett, T. / Rice, D.W.
履歴
登録1995年10月18日処理サイト: BNL
改定 1.01996年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6412
ポリマ－32,9771
非ポリマー6631
水97354
1
A: ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
ヘテロ分子

A: ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
ヘテロ分子

A: ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
ヘテロ分子

A: ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,5628
ポリマ－131,9094
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area20800 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area39260 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.500, 70.500, 117.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE


分子量: 32977.156 Da / 分子数: 1 / 変異: S1A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brassica napus (セイヨウアブラナ)
組織: SEED / 遺伝子: PEAR7 CLONE / 器官: SEED / プラスミド: PEAR2 / 遺伝子 (発現宿主): PEAR7 CLONE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P80030, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlenzyme1drop
210 mM1dropNaPO4
31 mMdithiothreitol1drop
40.15 Mnucleotide1reservoir
52.0 Mammonium sulfate1reservoir
60.1 MHEPES/NaOH1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年4月11日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 8364 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.043
反射
*PLUS
Num. measured all: 58714

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
SDMSデータ削減
精密化解像度: 2.6→10 Å / Num. reflection obs: 8364 / σ(F): 0
詳細: THE STRUCTURE OF THE BINARY COMPLEX WITH NADH WAS DETERMINED BY DIFFERENCE FOURIER ANALYSIS USING DATA FROM CRYSTALS GROWN WITH NAD WHICH WERE THEN SOAKED IN NADH. THE ELECTRON DENSITY IS ...詳細: THE STRUCTURE OF THE BINARY COMPLEX WITH NADH WAS DETERMINED BY DIFFERENCE FOURIER ANALYSIS USING DATA FROM CRYSTALS GROWN WITH NAD WHICH WERE THEN SOAKED IN NADH. THE ELECTRON DENSITY IS CLEARLY INTERPRETABLE FOR THE ENTIRE NADH COFACTOR INCLUDING THE NICOTINAMIDE MOIETY. THE ONLY SIGNIFICANT DIFFERENCE FROM THE STRUCTURE WITH NAD BOUND IS THE MOVEMENT OF THE SIDE CHAIN OF TYR 32 (WHICH WOULD OTHERWISE HAVE OCCUPIED SOME OF THE BINDING POCKET FOR THE NICOTINAMIDE RING) AND SMALL CHANGES ARE NOTED IN THE POSITIONS OF THE MAIN CHAIN FOR RESIDUES GLY 234, PRO 235, LEU 236, AND GLY 237.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2181 0 44 54 2279
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0151
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.93
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0175
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.132
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 27 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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