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- PDB-1enn: SOLVENT ORGANIZATION IN AN OLIGONUCLEOTIDE CRYSTAL: THE STRUCTURE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1enn
タイトルSOLVENT ORGANIZATION IN AN OLIGONUCLEOTIDE CRYSTAL: THE STRUCTURE OF D(GCGAATTCG)2 AT ATOMIC RESOLUTION
要素DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
キーワードDNA / B-DNA / ATOMIC RESOLUTION / IONS / HYDRATION / BASE TRIPLET
機能・相同性OXYGEN ATOM / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 0.89 Å
データ登録者Soler-Lopez, M. / Malinina, L. / Subirana, J.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Solvent organization in an oligonucleotide crystal. The structure of d(GCGAATTCG)2 at atomic resolution.
著者: Soler-Lopez, M. / Malinina, L. / Subirana, J.A.
履歴
登録2000年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2001年7月20日ID: 475D
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,76513
ポリマ－5,5122
非ポリマー25411
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)21.938, 36.540, 52.728
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3')


分子量: 2755.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM


分子量: 15.999 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.1
詳細: ACRIDINE-(ARG)4 ADDUCT, CACODYLATE, MGCL2, MPD, pH 7.1, vapor diffusion at 293K, VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ACRIDINE-(ARG)4 ADDUCT11
2CACODYLATE11
3MGCL211
4MPD11
5MGCL212
6MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-ID化学式Sol-ID
10.5 mMDNA duplex1
21 mMacridine-(Arg4) drug-peptide aduct1
320 mMsodium cacodylate1
4100 mM1MgCl2
535 %MPD11
61

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9076
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.89→30 Å / Num. all: 320317 / Num. obs: 32684 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル解像度: 0.89→0.9 Å / 冗長度: 1.43 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / % possible all: 59
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 59 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 0.89→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
詳細: 'OXYGEN ATOMS' 179, 180, 181 REPRESENT ADDITIONAL PEAKS OF ELECTRON DENSITY FOUND AT DISTANCES 0.9-1.4 A FROM EITHER ATOM OF THE PHOSPHATE GROUPS 9, 12, 14. MOST LIKELY, THESE THREE 'OXYGENS' ...詳細: 'OXYGEN ATOMS' 179, 180, 181 REPRESENT ADDITIONAL PEAKS OF ELECTRON DENSITY FOUND AT DISTANCES 0.9-1.4 A FROM EITHER ATOM OF THE PHOSPHATE GROUPS 9, 12, 14. MOST LIKELY, THESE THREE 'OXYGENS' ARE A SIGN OF DISORDER OF THESE PHOSPHATES AND WERE REFINED AS OXYGEN ATOMS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.161 3201 10 %RANDOM
Rwork0.135 ---
all0.14 32479 --
obs0.135 29278 97.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.89→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 391 8 169 568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d2.6
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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