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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1emy | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ASIAN ELEPHANT (ELEPHAS MAXIMUS) CYANO-MET MYOGLOBIN AT 1.78 ANGSTROMS RESOLUTION. PHE 29 (B10) ACCOUNTS FOR ITS UNUSUAL LIGAND BINDING PROPERTIES | ||||||
要素 | MYOGLOBINミオグロビン | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT (血液) / HEME PROTEIN / GLOBIN FOLD (グロビン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Elephas maximus (アジアゾウ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.78 Å | ||||||
データ登録者 | Bisig, D.A. / Piontek, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995 タイトル: Crystal structure of Asian elephant (Elephas maximus) cyano-metmyoglobin at 1.78-A resolution. Phe29(B10) accounts for its unusual ligand binding properties. 著者: Bisig, D.A. / Di Iorio, E.E. / Diederichs, K. / Winterhalter, K.H. / Piontek, K. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: A Double Mutant of Sperm Whale Myoglobin Mimics the Structure and Function of Elephant Myoglobin 著者: Zhao, X. / Vyas, K. / Nguyen, B.D. / Rajarathnam, K. / La Mar, G.N. / Li, T. / Phillips Jr., G.N. / Eich, R.F. / Olson, J.S. / Ling, J. / Bocian, D.F. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993 タイトル: 1H NMR Investigation of the Heme Cavity of Elephant (E7 Gln) met-Cyano-Myoglobin. Evidence for a B-Helix Phenylalanine Interaction with Bound Ligand 著者: Vyas, K. / Rajarathnam, K. / Yu, L.P. / Emerson, S.D. / La Mar, G.N. / Krishnamoorthi, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1emy.cif.gz | 49.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1emy.ent.gz | 34.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1emy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/1emy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/1emy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17026.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Elephas maximus (アジアゾウ) / 器官: SKELETAL骨格 / 参照: UniProt: P02186 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CYN / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | COMPND MET FORM. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.41 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS METHOD: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION PRECIPITANT: 45% PEG 1000 BUFFER: 0.1M TRIS/HCL PH: 8.5 SALT: 0.15M MAGNESIUM ACETATE PROTEIN CONCENTRATION: 10MG/ML ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS METHOD: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION PRECIPITANT: 45% PEG 1000 BUFFER: 0.1M TRIS/HCL PH: 8.5 SALT: 0.15M MAGNESIUM ACETATE PROTEIN CONCENTRATION: 10MG/ML TEMPERATURE: 293K CRYSTAL SIZE: 0.8 X 0.4 X 0.3 MM | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: macroseeding | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 13649 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.78 Å / 冗長度: 5 % / Num. measured all: 68768 / Rmerge(I) obs: 0.045 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.78→8 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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