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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1els | ||||||
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タイトル | CATALYTIC METAL ION BINDING IN ENOLASE: THE CRYSTAL STRUCTURE OF ENOLASE-MN2+-PHOSPHONOACETOHYDROXAMATE COMPLEX AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
![]() | ENOLASE | ||||||
![]() | CARBON-OXYGEN LYASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Gluconeogenesis / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / Glycolysis / melatonin binding / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / fungal-type vacuole / glycolytic process / magnesium ion binding ...Gluconeogenesis / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / Glycolysis / melatonin binding / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / fungal-type vacuole / glycolytic process / magnesium ion binding / mitochondrion / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Zhang, E. / Hatada, M. / Brewer, J.M. / Lebioda, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Catalytic metal ion binding in enolase: the crystal structure of an enolase-Mn2+-phosphonoacetohydroxamate complex at 2.4-A resolution. 著者: Zhang, E. / Hatada, M. / Brewer, J.M. / Lebioda, L. #1: ![]() タイトル: Fluoride Inhibition of Yeast Enolase: Crystal Structure of the Enolase-Mg2+-F--PI Complex at 2.6-Angstroms Resolution 著者: Lebioda, L. / Zhang, E. / Lewinski, K. / Brewer, J.M. #2: ![]() タイトル: Mechanism of Enolase: The Crystal Structure of Enolase-Mg2+-Phosphoglycerate(Slash) Phosphoenolpyruvate Complex at 2.2-Angstroms Resolution 著者: Lebioda, L. / Stec, B. #3: ![]() タイトル: Inhibition of Enolase: The Crystal Structures of Enolase-Ca2+-Phosphoglycerate and Enolase-Zn2+-Phosphoglycolate Complexes at 2.2-Angstroms Resolution 著者: Lebioda, L. / Stec, B. / Brewer, J.M. / Tykarska, E. #4: ![]() タイトル: Refined Structure of Yeast Apo-Enolase at 2.25 Angstroms Resolution 著者: Stec, B. / Lebioda, L. #5: ![]() タイトル: Crystal Structure of Holoenzyme Refined at 1.9 Angstroms Resolution: Trigonal-Bipyramidal Geometry of the Cation Binding Site 著者: Lebioda, L. / Stec, B. #6: ![]() タイトル: The Structure of Yeast Enolase at 2.25-Angstroms Resolution. An 8-Fold Beta+Alpha-Barrel with a Novel Beta Beta Alpha Alpha (Beta Alpha)6 Topology 著者: Lebioda, L. / Stec, B. / Brewer, J.M. #7: ![]() タイトル: Crystal Structure of Enolase Indicates that Enolase and Pyruvate Kinase Evolved from a Common Ancestor 著者: Lebioda, L. / Stec, B. #8: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Data for a Tetragonal Form of Yeast Enolase 著者: Lebioda, L. / Brewer, J.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET PRESENTED AS *BAR* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA-BARREL. ...SHEET THE SHEET PRESENTED AS *BAR* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY A NINE-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THERE IS A SMALL STRAND BONDED TO THE END OF STRAND 1 OF THE BARREL. THIS SMALL STRAND AND STRAND 1 ARE PRESENTED AS SHEET *S1*. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 105.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 143 / 2: CIS PROLINE - PRO 265 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46690.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00924, phosphopyruvate hydratase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PAH / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.39 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Lebioda, L., (1984) J.Mol.Biol., 180, 213. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.45 Å / Num. obs: 16561 / % possible obs: 83.3 % / Observed criterion σ(F): 3 / Num. measured all: 36445 / Rmerge F obs: 0.056 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 2.4 Å / σ(F): 3 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.4 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 15940 / Rfactor obs: 0.165 / 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |