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万見
- PDB-1ejh: EIF4E/EIF4G PEPTIDE/7-METHYL-GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ejh
タイトルEIF4E/EIF4G PEPTIDE/7-METHYL-GDP
要素
  • EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4E
  • EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4GII
キーワードTRANSLATION / eIF4E/eIF4GII peptide/7-methyl-GDP
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / mRNA cap binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / RISC complex / nuclear export / stem cell population maintenance / TOR signaling / mTORC1-mediated signalling / negative regulation of neuron differentiation / behavioral fear response / mRNA export from nucleus / translation repressor activity / translation initiation factor binding / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor activity / positive regulation of mitotic cell cycle / cellular response to dexamethasone stimulus / translational initiation / P-body / G1/S transition of mitotic cell cycle / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / negative regulation of translation / nuclear speck / nuclear body / translation / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4E binding / Eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein (EIF4EBP) / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Eukaryotic translation initiation factor 4E / Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Marcotrigiano, J. / Gingras, A.-C. / Sonenberg, N. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1999
タイトル: Cap-dependent translation initiation in eukaryotes is regulated by a molecular mimic of eIF4G.
著者: Marcotrigiano, J. / Gingras, A.C. / Sonenberg, N. / Burley, S.K.
履歴
登録2000年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年3月6日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4E
B: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4E
C: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4E
D: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4E
E: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4GII
F: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4GII
G: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4GII
H: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4GII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,61512
ポリマ－96,7828
非ポリマー1,8334
水2,000111
1
A: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4E
E: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4GII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6543
ポリマ－24,1952
非ポリマー4581
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10090 Å2
手法PISA
2
B: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4E
F: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4GII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6543
ポリマ－24,1952
非ポリマー4581
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9940 Å2
手法PISA
3
C: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4E
G: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4GII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6543
ポリマ－24,1952
非ポリマー4581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9940 Å2
手法PISA
4
D: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4E
H: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4GII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6543
ポリマ－24,1952
非ポリマー4581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.600, 140.60, 39.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4E


分子量: 22145.113 Da / 分子数: 4 / 断片: 28-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PET3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63073
#2: タンパク質・ペプチド
EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4GII


分子量: 2050.335 Da / 分子数: 4 / 断片: 622-637 / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE NATURALLY OCCURS IN HUMANS (HOMO SAPIENS)
参照: GenBank: 2895097, UniProt: Q13541*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-M7G / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 7-メチルグアノシン-7-イウム5′-二りん酸


分子量: 458.235 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O11P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: (NH4)2SO4 and Peg400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.0-2.1 Mammonium sulfate1reservoir
25 %PEG4001reservoir
310 mMEDTA1reservoir
40.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 1998年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 44216 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.093
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / % possible all: 95.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 2 /
RfactorSelection details
Rfree0.261 10% data
Rwork0.218 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6254 0 116 111 6481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.29
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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