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万見
- PDB-1eiy: THE CRYSTAL STRUCTURE OF PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE FROM THERMU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eiy
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE FROM THERMUS THERMOPHILUS COMPLEXED WITH COGNATE TRNAPHE
要素
  • (PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE) x 2
  • TRNA(PHE)
キーワードLIGASE/RNA / aminoacyl-tRNA synthetase / tRNA recognition / LIGASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain ...Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain, core domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain / B3/B4 tRNA-binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase-like, B3/B4 / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit / B3/4 domain / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / 3-Layer(bba) Sandwich / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit / Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Goldgur, Y. / Mosyak, L. / Reshetnikova, L. / Ankilova, V. / Safro, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The crystal structure of phenylalanyl-tRNA synthetase from thermus thermophilus complexed with cognate tRNAPhe.
著者: Goldgur, Y. / Mosyak, L. / Reshetnikova, L. / Ankilova, V. / Lavrik, O. / Khodyreva, S. / Safro, M.
履歴
登録2000年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: TRNA(PHE)
A: PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE
B: PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,5143
ポリマ－150,5143
非ポリマー00
水00
1
C: TRNA(PHE)
A: PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE
B: PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE

C: TRNA(PHE)
A: PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE
B: PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,0296
ポリマ－301,0296
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)175.0, 175.0, 140.6
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number154
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: RNA鎖 TRNA(PHE)


分子量: 24484.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SGX1
#2: タンパク質 PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE / E.C.6.1.1.20 / PHENYLALANINE--TRNA LIGASE ALPHA CHAIN / PHERS


分子量: 39309.199 Da / 分子数: 1 / Fragment: ALPHA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
参照: UniProt: P27001, UniProt: Q5SGX2*PLUS, phenylalanine-tRNA ligase
#3: タンパク質 PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE / E.C.6.1.1.20 / PHENYLALANINE--TRNA LIGASE BETA CHAIN / PHERS


分子量: 86720.656 Da / 分子数: 1 / Fragment: BETA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
参照: UniProt: Q5SGX2, UniProt: Q5SGX1*PLUS, phenylalanine-tRNA ligase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: ammonium sulphate, magnesium sulphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MgSO411
2(NH4)2SO411
3MgSO412
4(NH4)2SO412
結晶化
*PLUS
詳細: Reshetnikova, L., (1993) J. Mol. Biol., 231, 927.
溶液の組成
*PLUS
IDCrystal-ID
11
21
31
41

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
シンクロトロンLURE D41A20.99
検出器
タイプID検出器日付
XENTRONICS1AREA DETECTOR1992年10月10日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1993年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.991
反射解像度: 3.3→28 Å / Num. obs: 33340 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.158
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.338 / % possible all: 48
反射
*PLUS
最高解像度: 3.28 Å / 最低解像度: 28 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 48 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
X-GENデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3.3→28 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 1667 5 %random
Rwork0.221 ---
obs-33340 86.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8862 1623 0 0 10485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.3
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 28 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 2.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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