PDB-1eiw: Solution structure of hypothetical protein MTH538 from Methanobac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1eiw

タイトル

Solution structure of hypothetical protein MTH538 from Methanobacterium thermoautotrophicum

要素

HYPOTHETICAL PROTEIN MTH538

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / CheY-like fold / flavodoxin-like fold / (a/b)5 doubly wound fold / parallel beta sheet / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

Hypothetical protein MTH538 / Thoeris protein ThsB, TIR-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Protein MTH_538

機能・相同性情報

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing

データ登録者

Cort, J.R. / Arrowsmith, C.H. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure-based functional classification of hypothetical protein MTH538 from Methanobacterium thermoautotrophicum.
著者: Cort, J.R. / Yee, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Kennedy, M.A.

履歴

登録	2000年2月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1eiw.cif.gz	545.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1eiw.ent.gz	452 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1eiw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/1eiw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/1eiw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3fen-2 1ilt-2 3gjn-3 4w8g-d 5jyu-d 2leb-d 6swl-2 1t2w-2 3sjv-4 2irt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: TP1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HYPOTHETICAL PROTEIN MTH538

12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	16 / 20	structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL PROTEIN MTH538 分子量: 12395.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O26638

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	2	4D 13C-separated NOESY
1	2	3	3D 15N-separated NOESY
1	3	3	HMQC-J
1	4	1	3D 13C,15N-simultaneous NOESY
1	5	4	1H-15N HSQC D2O exchange

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2mM MTH538 U-15N,13C; 25 mM phosphate buffer pH 7.4, 150 mM NaCl, 90% H2O, 10% D2O, 5 mM DTT	90% H2O/10% D2O
2	2mM MTH538 U-15N,13C; 25 mM phosphate buffer pH 7.1, 150 mM NaCl, 99% D2O, 5 mM DTT	99% D2O
3	2mM MTH538 U-15N; 25 mM phosphate buffer pH 7.4, 150 mM NaCl, 90% H2O, 10% D2O, 5 mM DTT	90% H2O/10% D2O
4	2mM MTH538 U-15N; 25 mM phosphate buffer pH 7.1, 150 mM NaCl, 99% D2O, 5 mM DTT	99% D2O

試料状態

イオン強度: 150 mM salt, 25 mM phosphate buffer / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	Brunger	構造決定
Felix	98	MSI	解析
VNMR		Varian	collection
X-PLOR	3.1	Brunger	精密化

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 519 NOE-derived distance constraints 55 dihedral angle constraints (phi) 28 hydrogen bonds (2 constraints per H-bond)

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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