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- PDB-1ehy: X-ray structure of the epoxide hydrolase from agrobacterium radio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ehy
タイトルX-ray structure of the epoxide hydrolase from agrobacterium radiobacter ad1
要素PROTEIN (SOLUBLE EPOXIDE HYDROLASE)
キーワードHYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD / EPOXIDE DEGRADATION / EPICHLOROHYDRIN
機能・相同性
機能・相同性情報


epoxide hydrolase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Epoxide hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nardini, M. / Ridder, I.S. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Rink, R. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: The x-ray structure of epoxide hydrolase from Agrobacterium radiobacter AD1. An enzyme to detoxify harmful epoxides.
著者: Nardini, M. / Ridder, I.S. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Rink, R. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
#1: ジャーナル: Tetrahedron / 年: 1998
タイトル: Enantioselectivity of a Recombinant Epoxide Hydrolase from Agrobacterium Radiobacter
著者: Lutje Spelberg, J.H. / Rink, R. / Kellogg, R.M. / Janssen, D.B.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Primary Structure and Catalytic Mechanism of the Epoxide Hydrolase from Agrobacterium Radiobacter AD1
著者: Rink, R. / Fennema, M. / Smids, M. / Dehmel, U. / Janssen, D.B.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Kinetic Mechanism of the Enantioselective Conversion of Styrene Oxide by Epoxide Hydrolase from Agrobacterium Radiodacter AD1
著者: Jacobs, M.H.J. / Van Den Wijngaard, A.J. / Pentenga, M. / Janssen, D.B.
#4: ジャーナル: To be Published
タイトル: Mutation of Tyrosine Residues Involved in the Alkylation Half Reaction of Epoxide Hydrolase from Agrobacterium Radiodacter AD1 Results in Improved Enantioselectivity
著者: Rink, R. / Lutje Spelberg, J.H. / Pieters, R.J. / Kingma, J. / Nardini, M. / Kellogg, R.M. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B.
履歴
登録1998年10月17日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年5月9日Group: Structure summary
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (SOLUBLE EPOXIDE HYDROLASE)
B: PROTEIN (SOLUBLE EPOXIDE HYDROLASE)
C: PROTEIN (SOLUBLE EPOXIDE HYDROLASE)
D: PROTEIN (SOLUBLE EPOXIDE HYDROLASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,4558
ポリマ－136,2994
非ポリマー1564
水10,395577
1
A: PROTEIN (SOLUBLE EPOXIDE HYDROLASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1142
ポリマ－34,0751
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (SOLUBLE EPOXIDE HYDROLASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1142
ポリマ－34,0751
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PROTEIN (SOLUBLE EPOXIDE HYDROLASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1142
ポリマ－34,0751
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PROTEIN (SOLUBLE EPOXIDE HYDROLASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1142
ポリマ－34,0751
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)146.624, 100.201, 96.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.6101, 0.6478, -0.4562), (0.6611, 0.0989, -0.7437), (-0.4367, -0.7553, -0.4886)47.7899, 71.063, 144.7527
2given(-0.0429, 0.1032, 0.9937), (0.1275, -0.986, 0.1078), (0.9909, 0.1313, 0.0292)-48.0912, 62.6696, 38.9836
3given(-0.3615, -0.7593, -0.5411), (-0.7267, -0.1341, 0.6737), (-0.5841, 0.6368, -0.5033)104.0244, 16.7175, 94.624

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (SOLUBLE EPOXIDE HYDROLASE)


分子量: 34074.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: AD1 / プラスミド: PGELAF+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O31243, soluble epoxide hydrolase
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細DUE TO A CRYSTAL CONTACT BETWEEN LOOP RESIDUES 246-251 OF MONOMERS C AND D AND MONOMERS A AND B, IN ...DUE TO A CRYSTAL CONTACT BETWEEN LOOP RESIDUES 246-251 OF MONOMERS C AND D AND MONOMERS A AND B, IN ALL 4 MONOMERS THE CATALYTIC ASP 246 IS PULLED OUT FROM THE ACTIVE SITE, SO ALLOWING RESIDUE GLN 134 TO MOVE INTO THE ACTIVE SITE.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 1.8 M KH2PO4/K2HPO4, pH 7.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15.5 mg/mlprotein1drop
21.6-1.8 Mpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 73445 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / % possible all: 82
反射
*PLUS
Num. measured all: 222880
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
X-PLOR3.843精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT CORRECTION USED DURING THE REFINEMENT IN ALL 4 MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT THE LOOP 246-251 SHOWS POOR ELECTRON DENSITY. HOWEVER CLEAR ELECTRON DENSITY IS PRESENT FOR THE SS ...詳細: BULK SOLVENT CORRECTION USED DURING THE REFINEMENT IN ALL 4 MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT THE LOOP 246-251 SHOWS POOR ELECTRON DENSITY. HOWEVER CLEAR ELECTRON DENSITY IS PRESENT FOR THE SS BOND BETWEEN RESIDUES C248 AND D248. DUE TO A SLIGHTLY DIFFERENT CONFORMATION OF THAT LOOP IN MONOMER A, NO SS BOND IS OBSERVED BETWEEN RESIDUES A248 AND B248
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 3544 5.2 %SHELLS
Rwork0.19 ---
obs0.19 68692 91.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.3 Å2
Refine analyze
ObsFree
Luzzati d res low5 Å-
Luzzati sigma a0.29 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9262 0 4 577 9843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.33
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.17
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 214 4.5 %
Rwork0.286 4538 -
obs--71.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.WATTOPH19.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.2 % / Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.17
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Rfactor Rfree: 0.318 / % reflection Rfree: 4.5 % / Rfactor Rwork: 0.286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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