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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ehv | ||||||||||||||||||
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タイトル | A NEW CRYSTAL STRUCTURE FOR THE DODECAMER C-G-C-G-A-A-T-T-C-G-C-G: SYMMETRY EFFECTS ON SEQUENCE-DEPENDENT DNA STRUCTURE | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / DICKERSON DODECAMER / CRYSTAL PACKING | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Johansson, E.M. | ![]() ![]() タイトル: A new crystal form for the dodecamer C-G-C-G-A-A-T-T-C-G-C-G: symmetry effects on sequence-dependent DNA structure. 著者: Johansson, E. / Parkinson, G. / Neidle, S. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 16.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 9.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 356.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 358.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: KCL, BACL2, MPD, SPERMINE TETRAHYDROCHLORIDE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 284 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 3916 / Num. obs: 2685 / % possible obs: 68.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.86 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / % possible all: 0.62 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: PARKINSON ET AL.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.301 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |