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- PDB-2rf3: Crystal Structure of Tricyclo-DNA: An Unusual Compensatory Change... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rf3
タイトルCrystal Structure of Tricyclo-DNA: An Unusual Compensatory Change of Two Adjacent Backbone Torsion Angles
要素5'-d(CGCG(TCY)ATTCGCG)-3'
キーワードDNA / DNA duplex / X-ray crystal structure / Tricyclo-DNA / conformationally constrained DNA analog
機能・相同性SPERMINE / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Ittig, D. / Heroux, A. / Wawrzak, Z. / Leumann, C.J. / Egli, M.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of tricyclo-DNA: an unusual compensatory change of two adjacent backbone torsion angles.
著者: Pallan, P.S. / Ittig, D. / Heroux, A. / Wawrzak, Z. / Leumann, C.J. / Egli, M.
履歴
登録2007年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-d(CGCG(TCY)ATTCGCG)-3'
B: 5'-d(CGCG(TCY)ATTCGCG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6714
ポリマ－7,4032
非ポリマー2682
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.587, 26.587, 98.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: DNA鎖 5'-d(CGCG(TCY)ATTCGCG)-3'


分子量: 3701.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized modified oligodeoxyribonucleotide (DNA)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.75 mM of oligonucleotide, 20 mM sodium cacodylate, 6 mM NaCl, 40 mM KCl and 5% MPD against 0.7 mL of 35% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium cacodylate11
2NaCl11
3KCl11
4MPD11
5sodium cacodylate12
6NaCl12
7KCl12
8MPD12

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11201
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A11.0809
シンクロトロンAPS 5ID-B2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月2日 / 詳細: Flat focusing mirror
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→32.74 Å / Num. all: 7823 / Num. obs: 6884 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.796 Å / % possible all: 60

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EHV

1ehv


解像度: 1.75→32.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.124 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22495 332 4.8 %RANDOM
Rwork0.17602 ---
obs0.17829 6551 88.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.477 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20.17 Å20 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→32.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 492 15 93 600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.021567
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7573862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8493647
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.0910.271
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2380.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.256
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0730.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2330.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0960.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0570.23
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8393807
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5764.5856
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 13 -
Rwork0.189 321 -
obs--60.18 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.0137 Å / Origin y: 6.3589 Å / Origin z: 32.548 Å
111213212223313233
T-0.0058 Å2-0.007 Å20.0003 Å2-0.0075 Å20.0029 Å2--0.0201 Å2
L0.0492 °2-0.0777 °2-0.5219 °2-0.1228 °20.8246 °2--5.5351 °2
S0.1694 Å °0.0257 Å °0.0178 Å °0.0186 Å °0.1101 Å °-0.0468 Å °-0.0455 Å °0.0134 Å °-0.2795 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 121 - 12
2X-RAY DIFFRACTION1BB1 - 121 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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