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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eh4 | ||||||
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タイトル | BINARY COMPLEX OF CASEIN KINASE-1 FROM S. POMBE WITH AN ATP COMPETITIVE INHIBITOR, IC261 | ||||||
![]() | CASEIN KINASE-1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PROTEIN KINASE / CASEIN KINASE-1 / PROTEIN-INHIBITOR BINARY COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() fungal-type vacuole / regulation of endocytosis / endocytosis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding ...fungal-type vacuole / regulation of endocytosis / endocytosis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / signal transduction / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Mashhoon, N. / Demaggio, A.J. / Tereshko, V. / Bergmeier, S.C. / Egli, M. / Hoekstra, M.F. / Kuret, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a Conformation-Selective Casein Kinase-1 Inhibitor 著者: Mashhoon, N. / Demaggio, A.J. / Tereshko, V. / Bergmeier, S.C. / Egli, M. / Hoekstra, M.F. / Kuret, J. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Casein Kinase-1, a Phosphate-directed Protein Kinase 著者: Xu, R.M. / Carmel, G. / Sweet, R.M. / Kuret, J. / Cheng, X. #2: ![]() タイトル: Structural Basis for Selectivity of the Isoquinoline Sulfonamide Family of Protein Kinase Inhibitors 著者: Xu, R.M. / Carmel, G. / Kuret, J. / Cheng, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 131.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1023.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | two molecules in the asymmetric unit are related by a 1/2c translation and a 4 degree rotation along crystal b axis |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34377.238 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC CORE RESIDUES 1 - 298 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: A 298 RESIDUE TRUNCATION MUTANT OF CKI1 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE / プラスミド: PT7B / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P40233, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: Ammonium Sulfate, Sodium Acetate, MPD , pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 133 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→98 Å / Num. obs: 18625 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: -0.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Num. unique all: 2283 / % possible all: 76.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 98 Å / Num. measured all: 98304 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1991701.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: standard cns values
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.71 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.374 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rwork: 0.328 |