PDB-1egx: SOLUTION STRUCTURE OF THE ENA-VASP HOMOLOGY 1 (EVH1) DOMAIN OF HU...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1egx

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF THE ENA-VASP HOMOLOGY 1 (EVH1) DOMAIN OF HUMAN VASODILATOR-STIMULATED PHOSPHOPROTEIN (VASP)

要素

VASODILATOR-STIMULATED PHOSPHOPROTEIN

キーワード

SIGNALING PROTEIN / EVH1 / VASP-Ena / POLY-PROLINE-BINDING DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

profilin binding / Signaling by ROBO receptors / Cell-extracellular matrix interactions / actin polymerization or depolymerization / filopodium membrane / positive regulation of actin filament polymerization / lamellipodium membrane / Generation of second messenger molecules / bicellular tight junction / axon guidance ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing torsion angle dynamics

データ登録者

Ball, L. / Kuhne, R. / Hoffmann, B. / Hafner, A. / Schmieder, P. / Volkmer-Engert, R. / Hof, M. / Wahl, M. / Schneider-Mergener, J. / Walter, U. ...

引用

ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: Dual epitope recognition by the VASP EVH1 domain modulates polyproline ligand specificity and binding affinity.
著者: Ball, L.J. / Kuhne, R. / Hoffmann, B. / Hafner, A. / Schmieder, P. / Volkmer-Engert, R. / Hof, M. / Wahl, M. / Schneider-Mergener, J. / Walter, U. / Oschkinat, H. / Jarchau, T.

履歴

登録	2000年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2012年7月25日	Group: Other
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1egx.cif.gz	518.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1egx.ent.gz	430.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1egx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1egx_validation.pdf.gz	344.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1egx_full_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示
XML形式データ	1egx_validation.xml.gz	38.5 KB	表示
CIF形式データ	1egx_validation.cif.gz	55.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/1egx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/1egx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1evh 1qc6
類似構造データ	3uc2-2 4rhn-d 1g2r-d 3dlv-2 5wvz-1 5wvy-1 5ovm-d 5xee-d 1bfa-d 4osn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18569

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: VASODILATOR-STIMULATED PHOSPHOPROTEIN

12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 200	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	fewest violations, lowest energy

#1: タンパク質	VASODILATOR-STIMULATED PHOSPHOPROTEIN / VASP 分子量: 12746.359 Da / 分子数: 1 / 断片: EVH1 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P50552

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	2D NOESY
1	4	1	DQF-COSY
1	5	1	HNHA
1	6	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	7	1	3D HNHB
1	8	1	3D CBCA(CO)NNH
1	9	1	3D CBCANNH
1	10	1	3D 15N-separated-TOCSY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

-
試料調製

詳細	内容: 1.3 mM VASP EVH1 DOMAIN 15N,13C; buffer containing 20 mM KH2PO4, 50 mM KCl, 0.2 mM Na3N3; samples were used in both 90% H2O,10% D2O and 99.8% D2O 2 mM VASP EVH1 DOMAIN 15N buffer containing ...内容: 1.3 mM VASP EVH1 DOMAIN 15N,13C; buffer containing 20 mM KH2PO4, 50 mM KCl, 0.2 mM Na3N3; samples were used in both 90% H2O,10% D2O and 99.8% D2O 2 mM VASP EVH1 DOMAIN 15N buffer containing 20 mM KH2PO4, 50 mM KCl, 0.2 mM Na3N3;sample were used in 90% H2O,10% D2O 溶媒系: 90% H2O,10% D2O and 99.8% D2O
試料状態	イオン強度: 50 mM KCl, 20 mM KH2PO4 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	750	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	09a	Brunger	構造決定
Azara	2.1	Boucher	解析
XwinNMR	1.3	Bruker	解析
ANSIG	3.3	Kraulis	collection
CNS	09a	Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: structures are based on 3043 NOE-derived distance restraints, 49 dihedral angle restraints, 25 distance restraints from hydrogen bonds

代表構造

選択基準: fewest violations, lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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