[日本語] English
万見
- PDB-1egw: CRYSTAL STRUCTURE OF MEF2A CORE BOUND TO DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1egw
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MEF2A CORE BOUND TO DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
  • MADS BOX TRANSCRIPTION ENHANCER FACTOR 2, POLYPEPTIDE A
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / MADS-box transcription factor / DNA-protein complex / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ERK5 cascade / ventricular cardiac myofibril assembly / mitochondrion distribution / cardiac conduction / : / muscle organ development / dendrite morphogenesis / Myogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / histone acetyltransferase binding ...ERK5 cascade / ventricular cardiac myofibril assembly / mitochondrion distribution / cardiac conduction / : / muscle organ development / dendrite morphogenesis / Myogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / histone acetyltransferase binding / SMAD binding / ERK/MAPK targets / cellular response to calcium ion / positive regulation of D-glucose import / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / histone deacetylase binding / MAPK cascade / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / apoptotic process / DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Holliday junction regulator protein family C-terminal / Holliday junction regulator protein family C-terminal repeat / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. ...SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Holliday junction regulator protein family C-terminal / Holliday junction regulator protein family C-terminal repeat / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Myocyte-specific enhancer factor 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, heavy atom phases from iodine derivative dataset / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Santelli, E. / Richmond, T.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of MEF2A core bound to DNA at 1.5 A resolution.
著者: Santelli, E. / Richmond, T.J.
履歴
登録2000年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
A: MADS BOX TRANSCRIPTION ENHANCER FACTOR 2, POLYPEPTIDE A
B: MADS BOX TRANSCRIPTION ENHANCER FACTOR 2, POLYPEPTIDE A
C: MADS BOX TRANSCRIPTION ENHANCER FACTOR 2, POLYPEPTIDE A
D: MADS BOX TRANSCRIPTION ENHANCER FACTOR 2, POLYPEPTIDE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4428
ポリマ－57,4428
非ポリマー00
水11,818656
1
E: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
A: MADS BOX TRANSCRIPTION ENHANCER FACTOR 2, POLYPEPTIDE A
B: MADS BOX TRANSCRIPTION ENHANCER FACTOR 2, POLYPEPTIDE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7214
ポリマ－28,7214
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
C: MADS BOX TRANSCRIPTION ENHANCER FACTOR 2, POLYPEPTIDE A
D: MADS BOX TRANSCRIPTION ENHANCER FACTOR 2, POLYPEPTIDE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7214
ポリマ－28,7214
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.371, 60.696, 63.987
Angle α, β, γ (deg.)115.18, 89.99, 90.00
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1
詳細A protein dimer bound to a double stranded DNA oligonucleotide fully described by the deposited coordinates

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')


分子量: 5200.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Consensus DNA binding site for MEF2
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')


分子量: 5209.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Consensus DNA binding site for MEF2
#3: タンパク質
MADS BOX TRANSCRIPTION ENHANCER FACTOR 2, POLYPEPTIDE A / MEF2A TRANSCRIPTION FACTOR / MYOCYTE ENHANCER FACTOR 2A / MYOCYTE-SPECIFIC ENHANCER FACTOR 2A / ...MEF2A TRANSCRIPTION FACTOR / MYOCYTE ENHANCER FACTOR 2A / MYOCYTE-SPECIFIC ENHANCER FACTOR 2A / SERUM RESPONSE FACTOR-LIKE PROTEIN 1


分子量: 9155.646 Da / 分子数: 4 / Fragment: N-TERMINUS, RESIDUES 2-78 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: HEART, SKELETAL MUSCLE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02078
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 6000, NaCl, Ba(NO3)2, sodium Acetate, Bis-tris buffer, DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
PH範囲: 5.8-6.3
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NaCl11
2Ba(NO3)211
3sodium Acetate11
4bis-tris buffer11
5DTT11
6PEG 600011
7PEG 600012
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115-18 %PEG60001reservoir
250 mM1reservoirNaNO3
35 mM1reservoirBa(NO3)2
450 mMBis-Tris1reservoir
525 mM1reservoirNaOAc
62 mMdithiothreitol1reservoir
71

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 0.932
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 87264 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / % possible all: 92
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
MLPHARE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換, heavy atom phases from iodine derivative dataset
解像度: 1.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1092727.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: refined also with REFMAC by Murshudov, Vagin, Dodson
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 8679 10 %RANDOM, CREATED IN P21
Rwork0.206 ---
obs-86651 96 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.92 Å2 / ksol: 0.316 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.18 Å2-8.25 Å2
3----0.11 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2576 2764 0 656 5996
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.46
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.162
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.853
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.763
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.674
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 1067 10.2 %
Rwork0.257 9391 -
obs--92.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.206
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 24.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.46
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.286 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor Rwork: 0.257 / Rfactor obs: 0.257

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る