+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1egi | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE OF A C-TYPE CARBOHYDRATE-RECOGNITION DOMAIN (CRD-4) FROM THE MACROPHAGE MANNOSE RECEPTOR | ||||||
要素 | MACROPHAGE MANNOSE RECEPTOR | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / C-type lectin / mannose receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cargo receptor activity / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / D-mannose binding / cellular response to interleukin-4 / receptor-mediated endocytosis / cellular response to type II interferon / transmembrane signaling receptor activity / Modulation by Mtb of host immune system / virus receptor activity / signaling receptor activity ...cargo receptor activity / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / D-mannose binding / cellular response to interleukin-4 / receptor-mediated endocytosis / cellular response to type II interferon / transmembrane signaling receptor activity / Modulation by Mtb of host immune system / virus receptor activity / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / endosome membrane / cell surface / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Feinberg, H. / Park-Snyder, S. / Kolatkar, A.R. / Heise, C.T. / Taylor, M.E. / Weis, W.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Structure of a C-type carbohydrate recognition domain from the macrophage mannose receptor. 著者: Feinberg, H. / Park-Snyder, S. / Kolatkar, A.R. / Heise, C.T. / Taylor, M.E. / Weis, W.I. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1egi.cif.gz | 66.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1egi.ent.gz | 52.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1egi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1egi_validation.pdf.gz | 437.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1egi_full_validation.pdf.gz | 443.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1egi_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1egi_validation.cif.gz | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/1egi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/1egi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16800.596 Da / 分子数: 2 / 断片: CARBOHYDRATE-RECOGNITION DOMAIN 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22897 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 8-13% polyethylene glycol, 100 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 100 mM a-Me-Man. The crystals were then transferred to a solution containing 200 mM methyl 3-O-(a-D-mannopyranosyl)-a- ...詳細: 8-13% polyethylene glycol, 100 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 100 mM a-Me-Man. The crystals were then transferred to a solution containing 200 mM methyl 3-O-(a-D-mannopyranosyl)-a-D-mannopyranoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→100 Å / Num. all: 12333 / Num. obs: 12246 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Num. unique all: 603 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 103297 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.3→500 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 766262.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.12 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.2 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→500 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.4 % / Rfactor obs: 0.212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 37.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.304 / % reflection Rfree: 10.6 % / Rfactor Rwork: 0.26 |