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万見
- PDB-1eg7: THE CRYSTAL STRUCTURE OF FORMYLTETRAHYDROFOLATE SYNTHETASE FROM M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eg7
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF FORMYLTETRAHYDROFOLATE SYNTHETASE FROM MOORELLA THERMOACETICA
要素FORMYLTETRAHYDROFOLATE SYNTHETASE
キーワードLIGASE / Synthetase / Folate Binding / ATP Binding / Formate Binding / Monovalent Cation Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / tetrahydrofolate interconversion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Formyltetrahydrofolate synthetase; domain 3 / Formyltetrahydrofolate synthetase, domain 3 / Domain 2, N(10)-formyltetrahydrofolate synthetase / Domain 2, N(10)-formyltetrahydrofolate synthetase / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS, conserved site / Formate--tetrahydrofolate ligase / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 1. / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 2. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Formyltetrahydrofolate synthetase; domain 3 / Formyltetrahydrofolate synthetase, domain 3 / Domain 2, N(10)-formyltetrahydrofolate synthetase / Domain 2, N(10)-formyltetrahydrofolate synthetase / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS, conserved site / Formate--tetrahydrofolate ligase / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 1. / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 2. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Formate--tetrahydrofolate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Moorella thermoacetica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Radfar, R. / Shin, R. / Sheldrick, G.M. / Minor, W. / Lovell, C.R. / Odom, J.D. / Dunlap, R.B. / Lebioda, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of N(10)-formyltetrahydrofolate synthetase from Moorella thermoacetica.
著者: Radfar, R. / Shin, R. / Sheldrick, G.M. / Minor, W. / Lovell, C.R. / Odom, J.D. / Dunlap, R.B. / Lebioda, L.
履歴
登録2000年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FORMYLTETRAHYDROFOLATE SYNTHETASE
B: FORMYLTETRAHYDROFOLATE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,78813
ポリマ－119,7322
非ポリマー1,05711
水4,846269
1
A: FORMYLTETRAHYDROFOLATE SYNTHETASE
B: FORMYLTETRAHYDROFOLATE SYNTHETASE
ヘテロ分子

A: FORMYLTETRAHYDROFOLATE SYNTHETASE
B: FORMYLTETRAHYDROFOLATE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,57726
ポリマ－239,4644
非ポリマー2,11322
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
2
A: FORMYLTETRAHYDROFOLATE SYNTHETASE
ヘテロ分子

B: FORMYLTETRAHYDROFOLATE SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,78813
ポリマ－119,7322
非ポリマー1,05711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area7750 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area38960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.876, 160.876, 256.118
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: タンパク質 FORMYLTETRAHYDROFOLATE SYNTHETASE


分子量: 59865.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Y1 / 参照: UniProt: P21164, formate-tetrahydrofolate ligase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Ammonium Sulfate, PEG 1000, DTT, Potassium Maleate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
詳細: Lewinski, K., (1993) J. Mol. Biol., 229, 1153.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.04189
検出器タイプ: OTHER / 検出器: CCD / 日付: 1998年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04189 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 194269 / Num. obs: 43717 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.49→2.58 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.168 / Num. unique all: 43717 / % possible all: 79.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 194269

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXS位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
精密化解像度: 2.5→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 4734824.3 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 2001 5 %RANDOM
Rwork0.253 ---
obs0.253 40061 90.6 %-
all-194269 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.8 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.31 Å26.77 Å20 Å2
2--3.31 Å20 Å2
3----6.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8262 0 55 269 8586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 270 5.1 %
Rwork0.28 5039 -
obs--72.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 3 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 40.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.01
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.338 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rwork: 0.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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