ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SHARP | | 位相決定 | CNS | 1 | 精密化 | MOSFLM | | データ削減 | CCP4 | (SCALA)データスケーリング | |
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精密化 | 解像度: 2→35.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3535820.02 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENG&HUBER
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.232 | 3930 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.211 | - | - | - |
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all | 0.211 | 81155 | - | - |
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obs | 0.211 | 78802 | 98.2 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.07 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 3.45 Å2 | 5.14 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 3.45 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -6.89 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.28 Å | 0.25 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.42 Å | 0.41 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→35.92 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 5717 | 0 | 40 | 255 | 6012 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.012 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it2.91 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it3.74 | 2.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it4.83 | 2.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it6.53 | 3 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.354 | 635 | 5 % |
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Rwork | 0.34 | 12186 | - |
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obs | - | - | 97.1 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | PLP.CNS.PARPLP.CNS.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | ION.PARAMION.TOP | | | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 38.7 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it | 2.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it | 2.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it | 3 | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.354 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.34 |
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