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- PDB-1eg0: FITTING OF COMPONENTS WITH KNOWN STRUCTURE INTO AN 11.5 A CRYO-EM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eg0
タイトルFITTING OF COMPONENTS WITH KNOWN STRUCTURE INTO AN 11.5 A CRYO-EM MAP OF THE E.COLI 70S RIBOSOME
要素
  • (PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 3
  • FORMYL-METHIONYL-TRNA
  • FRAGMENT OF 16S RRNA HELIX 23
  • FRAGMENT OF 23S RRNA
  • HELIX 95 OF 23S RRNA
  • PROTEIN (S15 RIBOSOMAL PROTEIN)
  • PROTEIN (S17 RIBOSOMAL PROTEIN)
  • PROTEIN (S20 RIBOSOMAL PROTEIN)
  • PROTEIN (S4 RIBOSOMAL PROTEIN)
  • PROTEIN (S5 RIBOSOMAL PROTEIN)
  • PROTEIN (S6 RIBOSOMAL PROTEIN)
  • PROTEIN (S7 RIBOSOMAL PROTEIN)
  • PROTEIN (S8 RIBOSOMAL PROTEIN)
キーワードRIBOSOME / 70S RIBOSOME / LOW RESOLUTION MODEL
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding ...ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site ...Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / : / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 ...: / RNA / RNA (> 10) / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Small ribosomal subunit protein bS6
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.5 Å
Model detailsREFINEMENT DONE BY PROGRAMS O AND SPIDER. ALL COMPONENTS WERE FIT INTO MAP AS RIGID BODIES USING ...REFINEMENT DONE BY PROGRAMS O AND SPIDER. ALL COMPONENTS WERE FIT INTO MAP AS RIGID BODIES USING COORDINATES FROM THE REFERRED SOURCES EXCEPT FOR L1, FOR WHICH ABOUT 15-DEGREE ROTATION WAS INTRODUCED BETWEEN THE TWO DOMAINS; FITTING OF PROTEIN S17 IS RELATIVELY UNCERTAIN; CONFORMATIONAL CHANGES OF ANTICODON AND ACCEPTOR REGIONS OF TRNAFMET UPON BINDING TO THE RIBOSOME WERE NOT MODELED.
データ登録者Gabashvili, I.S. / Agrawal, R.K. / Spahn, C.M.T. / Grassucci, R.A. / Svergun, D.I. / Frank, J. / Penczek, P.
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2000
タイトル: Solution structure of the E. coli 70S ribosome at 11.5 A resolution.
著者: I S Gabashvili / R K Agrawal / C M Spahn / R A Grassucci / D I Svergun / J Frank / P Penczek /
要旨: Over 73,000 projections of the E. coli ribosome bound with formyl-methionyl initiator tRNAf(Met) were used to obtain an 11.5 A cryo-electron microscopy map of the complex. This map allows ...Over 73,000 projections of the E. coli ribosome bound with formyl-methionyl initiator tRNAf(Met) were used to obtain an 11.5 A cryo-electron microscopy map of the complex. This map allows identification of RNA helices, peripheral proteins, and intersubunit bridges. Comparison of double-stranded RNA regions and positions of proteins identified in both cryo-EM and X-ray maps indicates good overall agreement but points to rearrangements of ribosomal components required for the subunit association. Fitting of known components of the 50S stalk base region into the map defines the architecture of the GTPase-associated center and reveals a major change in the orientation of the alpha-sarcin-ricin loop. Analysis of the bridging connections between the subunits provides insight into the dynamic signaling mechanism between the ribosomal subunits.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998
タイトル: The Crystal Structure of Ribosomal Protein S4 Reveals a Two-Domain Molecule with an Extensive RNA-Binding Surface: One Domain Shows Structural Homology to the Ets DNA-Binding Motif
著者: Davies, C. / Gerstner, R.B. / Draper, D.E. / Ramakrishnan, V. / White, S.W.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: The Structure of Ribosomal Protein S5 Reveals Sites of Interaction with 16S Rrna
著者: Ramakrishnan, V. / White, S.W.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of the Ribosomal Protein S6 from Thermus Thermophilus
著者: Lindahl, M. / Svensson, L.A. / Liljas, A. / Sedelnikova, I.A. / Eliseikina, I.A. / Fomenkova, N.P. / Nevskaya, N. / Nikonov, S.V. / Garber, M.B. / Muranova, T.A. / Rykonova, A.I. / Amons, R.
#4: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The Structure of Ribosomal Protein S7 at 1.9 A Resolution Reveals a Beta- Hairpin Motif that Binds Double-Stranded Nucleic Acids
著者: Wimberly, B.T. / White, S.W. / Ramakrishnan, V.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of Ribosomal Protein S8 from Thermus Thermophilus Reveals a High Degree of Structural Conservation of a Specific RNA Binding Site
著者: Nevskaya, N. / Tischenko, S. / Nikulin, A. / Al-Karadaghi, S. / Liljas, A. / Ehresmann, B. / Ehresmann, C. / Garber, M. / Nikonov, S.
#6: ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Conformational Variability of the N-Terminal Helix in the Structure of Ribosomal Protein S15
著者: Clemons Jr., W.M. / Davies, C.R. / White, S.W. / Ramakrishnan, V.
#7: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Solution Structure of Prokaryotic Ribosomal Protein S17 by High-Resolution NMR Spectroscopy
著者: Jaishree, T. / Ramakrishnan, V. / White, S.W.
#8: ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Structure of a bacterial 30S ribosomal subunit at 5.5 A resolution
著者: Clemons Jr., W.M. / May, J.L.C. / Wimberly, B.T. / Mccutcheon, J.P. / Capel, M.S. / Ramakrishnan, V.
#9: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993
タイトル: Ribosomal Protein L6: Structural Evidence of Gene Duplication from a Primitive RNA-Binding Protein
著者: Golden, B.L. / Davies, C. / Ramakrishnan, V. / White, S.W.
#10: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: A Detailed View of a Ribosomal Active Site: The Structure of the L11-RNA Complex
著者: Wimberly, B.T. / Guymon, R. / Mccutcheon, J.P. / Ramakrishnan, S.W. / White, V.
#11: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The Two Faces of the Escherichia Coli 23 S Rrna Sarcin/Ricin Domain: The Structure at 1.11 A Resolution
著者: Correll, C.C. / Wool, I.G. / Munishkin, A.
#12: ジャーナル: Embo J. / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of the RNA Binding Ribosomal Prot L1 from Thermus Thermophilus
著者: Nikonov, S. / Nevskaya, N. / Eliseikina, I. / Briand, C. / Al-Karadaghi, S. / Svensson, A. / Liljas, A. / Aebarson, A.
#13: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of Methionyl-Trnafmet Transformylase Complexed with the Initiator Formyl-Methionyl-Trnafmet
著者: Schmitt, E. / Panvert, M. / Blanquet, S. / Mechulam, Y.
履歴
登録2000年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02024年2月7日Group: Data collection / Database references / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_image_scans / entity_poly / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1003
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1003
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: FRAGMENT OF 16S RRNA HELIX 23
L: FRAGMENT OF 23S RRNA
M: HELIX 95 OF 23S RRNA
O: FORMYL-METHIONYL-TRNA
A: PROTEIN (S4 RIBOSOMAL PROTEIN)
B: PROTEIN (S5 RIBOSOMAL PROTEIN)
C: PROTEIN (S6 RIBOSOMAL PROTEIN)
D: PROTEIN (S7 RIBOSOMAL PROTEIN)
E: PROTEIN (S8 RIBOSOMAL PROTEIN)
F: PROTEIN (S15 RIBOSOMAL PROTEIN)
G: PROTEIN (S17 RIBOSOMAL PROTEIN)
H: PROTEIN (S20 RIBOSOMAL PROTEIN)
N: PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L1)
J: PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L6)
K: PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L11)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,43815
ポリマ－224,43815
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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RNA鎖 , 4種, 4分子 ILMO

#1: RNA鎖 FRAGMENT OF 16S RRNA HELIX 23 / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 6426.170 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 673-713 / 由来タイプ: 天然
詳細: MODELED AS ANALOGOUS FRAGMENT OF T. THERMOPHILUS TAKEN FROM PDB ENTRY 1QD7
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#2: RNA鎖 FRAGMENT OF 23S RRNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 18347.938 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1051-1108 / 由来タイプ: 天然
詳細: T. MARITIMA RNA SEQUENCE AND MODEL TAKEN FROM PDB ENTRY 1MMS
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#3: RNA鎖 HELIX 95 OF 23S RRNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 8438.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: E.COLI RNA SEQUENCE AND MODEL TAKEN FROM PDB ENTRY 480D
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#4: RNA鎖 FORMYL-METHIONYL-TRNA / FMET-TRNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 24526.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: E.COLI FMET-TRNA SEQUENCE AND MODEL TAKEN FROM PDB ENTRY 2FMT
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質 , 8種, 8分子 ABCDEFGH

#5: タンパク質 PROTEIN (S4 RIBOSOMAL PROTEIN) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 18624.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MODELED BY ANALOGOUS PROTEIN OF B. STEAROTHERMOPHILUS TAKEN FROM PDB ENTRY 1C06
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P81288, UniProt: P21466*PLUS
#6: タンパク質 PROTEIN (S5 RIBOSOMAL PROTEIN) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15686.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MODELED BY ANALOGOUS PROTEIN OF B. STEAROTHERMOPHILUS TAKEN FROM PDB ENTRY 1PKP
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02357, UniProt: P21467*PLUS
#7: タンパク質 PROTEIN (S6 RIBOSOMAL PROTEIN) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11619.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MODELED BY ANALOGOUS PROTEIN OF T.THERMOPHILUS TAKEN FROM PDB ENTRY 1RIS
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23370, UniProt: Q5SLP8*PLUS
#8: タンパク質 PROTEIN (S7 RIBOSOMAL PROTEIN) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 16758.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MODELED BY ANALOGOUS PROTEIN OF T. THERMOPHILUS TAKEN FROM PDB ENTRY 1RSS
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17291
#9: タンパク質 PROTEIN (S8 RIBOSOMAL PROTEIN) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MODELED BY ANALOGOUS PROTEIN OF T. THERMOPHILUS TAKEN FROM PDB ENTRY 1AN7
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: PIR: A53870, UniProt: P0DOY9*PLUS
#10: タンパク質 PROTEIN (S15 RIBOSOMAL PROTEIN) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MODELED BY ANALOGOUS PROTEIN OF B. STEAROTHERMOPHILUS TAKEN FROM PDB ENTRY 1A32
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80378, UniProt: Q5SJ76*PLUS
#11: タンパク質 PROTEIN (S17 RIBOSOMAL PROTEIN) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10569.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MODELED BY ANALOGOUS PROTEIN OF B. STEAROTHERMOPHILUS TAKEN FROM PDB ENTRIES 1RIP AND 1QD7
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23828
#12: タンパク質 PROTEIN (S20 RIBOSOMAL PROTEIN) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8528.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MODELED BY ANALOGOUS PROTEIN OF T. THERMOPHILUS TAKEN FROM PDB ENTRY 1QD7
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

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PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN ... , 3種, 3分子 NJK

#13: タンパク質 PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L1) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 24867.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MODELED BY ANALOGOUS PROTEIN OF T. THERMOPHILUS TAKEN FROM PDB ENTRY 1AD2
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27150, UniProt: Q5SLP7*PLUS
#14: タンパク質 PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L6) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 18601.459 Da / 分子数: 1 / Mutation: B. STEAROTHERMOPHILUS SEQUENCE AND MODEL / 由来タイプ: 天然
詳細: MODELED BY ANALOGOUS PROTEIN OF T. STEAROTHERMOPHILUS TAKEN FROM PDB ENTRY 1RL6
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02391, UniProt: Q5L408*PLUS
#15: タンパク質 PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L11) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14996.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MODELED BY ANALOGOUS PROTEIN OF T. MARITIMA TAKEN FROM PDB ENTRY 1MMS
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29395

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詳細

配列の詳細ONLY COORDINATES OF PHOSPHATE AND CA-ATOMS ARE DEPOSITED

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: E.COLI 70S RIBOSOME / タイプ: RIBOSOME
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 20 mM Hepes, 6 mM Mg(CH3COO)2 150 mM NH4Cl, 4 mM
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Electron Microscopy

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM200FEG/ST / 日付: 1997年1月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4340 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 730 nm
撮影電子線照射量: 10 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
反射最高解像度: 11.5 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
Oモデル構築
SPIDERモデル構築
SPIDER位相決定
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 11.5 Å / 粒子像の数: 73523 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: VECTOR R-FACTOR
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--RIGID BODY REFINEMENT DETAILS--ALL COMPONENTS WERE FIT INTO MAP AS RIGID BODIES USING COORDINATES FROM THE REFERRED SOURCES EXCEPT FOR L1, FOR WHICH ABOUT 15-DEGREE ...詳細: REFINEMENT PROTOCOL--RIGID BODY REFINEMENT DETAILS--ALL COMPONENTS WERE FIT INTO MAP AS RIGID BODIES USING COORDINATES FROM THE REFERRED SOURCES EXCEPT FOR L1, FOR WHICH ABOUT 15-DEGREE ROTATION WAS INTRODUCED BETWEEN THE TWO DOMAINS; FITTING OF PROTEIN S17 IS RELATIVELY UNCERTAIN; CONFORMATIONAL CHANGES OF ANTICODON AND ACCEPTOR REGIONS OF TRNAFMET UPON BINDING TO THE RIBOSOME WERE NOT MODELED.
精密化最高解像度: 11.5 Å
詳細: ALL COMPONENTS WERE FIT INTO MAP AS RIGID BODIES USING COORDINATES FROM THE REFERRED SOURCES EXCEPT FOR L1, FOR WHICH ABOUT 15-DEGREE ROTATION WAS INTRODUCED BETWEEN THE TWO DOMAINS; FITTING ...詳細: ALL COMPONENTS WERE FIT INTO MAP AS RIGID BODIES USING COORDINATES FROM THE REFERRED SOURCES EXCEPT FOR L1, FOR WHICH ABOUT 15-DEGREE ROTATION WAS INTRODUCED BETWEEN THE TWO DOMAINS; FITTING OF PROTEIN S17 IS RELATIVELY UNCERTAIN; CONFORMATIONAL CHANGES OF ANTICODON AND ACCEPTOR REGIONS OF TRNAFMET UPON BINDING TO THE RIBOSOME WERE NOT MODELED.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 11.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1466 192 0 0 1658

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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