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- PDB-1efy: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC FRAGMENT OF POLY (ADP-RIBOSE) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1efy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC FRAGMENT OF POLY (ADP-RIBOSE) POLYMERASE COMPLEXED WITH A BENZIMIDAZOLE INHIBITOR
要素POLY (ADP-RIBOSE) POLYMERASE
キーワードTRANSFERASE / BENZIMIDAZOLE / INHIBITOR / CATALYTIC FRAGMENT / POLYMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / replication fork reversal / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein auto-ADP-ribosylation ...NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / replication fork reversal / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / nuclear replication fork / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleosome binding / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of innate immune response / nucleotidyltransferase activity / NAD binding / double-strand break repair / site of double-strand break / damaged DNA binding / innate immune response / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / Poly(ADP-ribose) Polymerase; domain 1 / Poly [ADP-ribose] polymerase / PADR1 domain / PADR1 domain superfamily / : / PADR1 domain, zinc ribbon fold / PADR1, N-terminal helical domain / PADR1 domain profile. / PADR1 ...Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / Poly(ADP-ribose) Polymerase; domain 1 / Poly [ADP-ribose] polymerase / PADR1 domain / PADR1 domain superfamily / : / PADR1 domain, zinc ribbon fold / PADR1, N-terminal helical domain / PADR1 domain profile. / PADR1 / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type signature. / Zinc finger, PARP-type superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / Zinc finger, PARP-type / : / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / WGR domain / WGR domain superfamily / WGR domain / WGR domain profile. / Proposed nucleic acid binding domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / PARP alpha-helical domain profile. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(3'-METHOXYPHENYL) BENZIMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE / Poly [ADP-ribose] polymerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者White, A.W. / Almassy, R. / Calvert, A.H. / Curtin, N.J. / Griffin, R.J. / Hostomsky, Z. / Maegley, K. / Newell, D.R. / Srinivasan, S. / Golding, B.T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2000
タイトル: Resistance-modifying agents. 9. Synthesis and biological properties of benzimidazole inhibitors of the DNA repair enzyme poly(ADP-ribose) polymerase.
著者: White, A.W. / Almassy, R. / Calvert, A.H. / Curtin, N.J. / Griffin, R.J. / Hostomsky, Z. / Maegley, K. / Newell, D.R. / Srinivasan, S. / Golding, B.T.
履歴
登録2000年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLY (ADP-RIBOSE) POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5952
ポリマ－39,3281
非ポリマー2671
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.36, 64.26, 96.98
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 POLY (ADP-RIBOSE) POLYMERASE


分子量: 39328.133 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P26446, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-BZC / 2-(3'-METHOXYPHENYL) BENZIMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE / 2-(3-メトキシフェニル)-1H-ベンゾイミダゾ-ル-4-カルボアミド


分子量: 267.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13N3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 3400, isopropyl alcohol, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 詳細: Jung, S., (1994) J.Mol.Biol., 244, 114.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 %(w/v)beta-OG1drop
27.5 mg/mlprotein1drop
35 mMAp4A1drop
470 mMTris1reservoir
519 %PEG34001reservoir
68 %isopropyl alcohol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→100 Å / Num. all: 18995 / Num. obs: 18995 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.222 / Num. unique all: 1807 / % possible all: 95.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 95006
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.5 % / Mean I/σ(I) obs: 9.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR98精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber, CHARMM
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1756 -random
Rwork0.194 ---
all0.215 19401 --
obs0.202 17889 92.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2764 0 20 91 2875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.315
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.591
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.137
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 98 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.591
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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